【NGSハンズオン2016】第1部統計解析 - トランスクリプトーム解析2

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2016.10.17

04:33:08

作者: TogoTV

編集: NBDC

本日の統合TVは、2016年7月19日(火) ～ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム平成28年度次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会から、東京大学大学院農学生命科学研究科門田幸二特任准教授による「第1部統計解析 (農学生命情報科学特論I) トランスクリプトーム解析2」をお送りします。約4時間33分です。
本講習では、主に
・反復あり3群間比較（TCCによるANOVA的な解析）
・デザイン行列、post-hoc test
・遺伝子間クラスタリング(MBCluster.Seq)
・反復あり3群間比較（EBSeqやbaySeqによる発現パターン分類）
・反復なし3群間比較(TCC)、および結果の解釈
・（データの正規化、TCC正規化を組み合わせた各種解析）
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約7.3MB)
解析データ (ZIP: 約0.4MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

01:52 1. 反復あり3群間比較(TCCによるANOVA的な解析)
40:42 2. デザイン行列、post-hoc test～「G1 vs. G2」～
01:01:05 3. デザイン行列、post-hoc test～「G1 vs. G2」～
01:20:11 4. デザイン行列、post-hoc test～「G1 vs. G3」～
01:36:36 5. デザイン行列、post-hoc test～「G2 vs. G3」～
01:51:36 6. デザイン行列、post-hoc test～コントラストで「G1 vs. G2」と「G1 vs. G3」～
02:00:02 7. デザイン行列、post-hoc test～「Post-hoc testの2群間比較」と「通常の2群間比較」の違い～
02:22:20 8. 遺伝子間クラスタリング～MBCluster.Seq単体での利用～
02:48:20 9. 遺伝子間クラスタリング～「TCC正規化 + MBCluster.Seq」～
02:56:24 10. 遺伝子間クラスタリング～「TCC正規化 + MBCluster.Seq」とTCC発現変動解析の組み合わせ～
03:15:05 11. 反復あり3群間比較(EBSeqやbaySeqによる発現パターン分類)～baySeq～
03:53:01 12. 反復あり3群間比較(EBSeqやbaySeqによる発現パターン分類)～TCC結果を含めてbaySeqの発現パターン分類結果上で議論する～
04:13:39 13. 反復なし3群間比較(TCC)、および結果の解釈

【NGSハンズオン2016】第1部 統計解析 - トランスクリプトーム解析2