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【NGSハンズオン2016】第1部 統計解析 - トランスクリプトーム解析1
本日の統合TVは、2016年7月19日(火) ～ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「第1部 統計解析 (農学生命情報科学特論I) トランスクリプトーム解析1」をお送りします。約4時間32分です。
本講習では、主に
・カウントデータ取得以降の統計解析(RNA-seq)
・サンプル間クラスタリング、結果の解釈
・発現変動解析（反復あり2群間比較）
・分布やモデル、実験デザイン
・反復なし2群間比較(TCC, DESeq2)、および結果の解釈
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約6.5MB)
解析データ (ZIP: 約3.2MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
本講習では、主に
・カウントデータ取得以降の統計解析(RNA-seq)
・サンプル間クラスタリング、結果の解釈
・発現変動解析（反復あり2群間比較）
・分布やモデル、実験デザイン
・反復なし2群間比較(TCC, DESeq2)、および結果の解釈
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約6.5MB)
解析データ (ZIP: 約3.2MB)
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見どころダイジェスト
- 03:59 1. カウントデータ、データの正規化(基礎)、RPK、RPM、RPKM
- 42:28 2. サンプル間クラスタリング、結果の解釈～20150729の復習(Blekhmanのデータ)、Tips～
- 01:20:16 3. サンプル間クラスタリング、結果の解釈～ReCountのbodymapデータ～
- 01:34:15 4. サンプル間クラスタリング、結果の解釈～giladデータ～
- 01:49:21 5. サンプル間クラスタリング、結果の解釈～マージ(bodymap + gilad)後のデータ～
- 02:06:24 6. 発現変動解析(反復あり2群間比較)～Blekhmanのデータ(DEGが多い場合)、M-A plot～
- 02:41:13 7. 発現変動解析(反復あり2群間比較)～モデル、分布、統計的手法、Blekhmanのデータ(DEGがそれほど多くない場合)～
- 02:51:52 8. 発現変動解析(反復あり2群間比較)～Blekhmanのデータ(DEGがほとんどない同一群の場合)～
- 03:05:02 9. 発現変動解析(反復あり2群間比較)～倍率変化(2倍以上、1/2以下の発現変動)を用いた場合～
- 03:11:36 10. 発現変動解析(反復あり2群間比較)～giladのデータ(オス肝臓3サンプル vs. メス肝臓3サンプル；計6人)～
- 03:17:15 11. 実験デザイン、反復なし2群間比較～MAQCのtechnical replicatesデータ(7 brain samples vs. 7 UHR samples)～
- 03:42:15 12. 実験デザイン、反復なし2群間比較～MAQCのbiological replicatesデータ(1 brain samples vs. 1 UHR samples)～
- 03:53:12 13. 実験デザイン、反復なし2群間比較～反復なし2群間比較：maqc (pooled)～
動画ファイルのダウンロード
161016NGS_02_kadota.mov