GeneSetDBで遺伝子解析とエンリッチメント解析を行う

GeneSetDBは、オークランド大学バイオインフォマティクス研究所で運営されているフリーの遺伝子セット解析用データベースです。ヒト、マウス、ラットを対象にしたPathway、Disease/Phenotype、Drug/Chemical、Genes Regulations、Gene Ontologyの5つのサブクラスからなる26種のデータベースから構成されており、既存の遺伝子セット解析ツールと比べ、特に医学・薬学分野に関連した情報を解析対象にすることができるのが特長です。
今回は、GeneSetDBを使って、ユーザの興味ある遺伝子がどのデータベースの遺伝子セットに含まれているかを検索する方法と、ユーザが用意した遺伝子セットについて生物学的解釈をするためのエンリッチメント解析を行う方法を紹介します。

見どころダイジェスト

  • 00:37 1. 遺伝子/遺伝子セットの検索
  • 01:57 2. 検索対象のデータベースを絞り込む
  • 02:29 3. 検索結果のリストをダウンロードする
  • 02:50 4. エンリッチメント解析を行う
  • 03:50 5. エンリッチメント解析結果の見方
  • 04:56 6. エンリッチメント解析結果のヒートマップ表示

動画ファイルのダウンロード

160102genesetdb.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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