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【NGSハンズオン2015】NGS解析 - NGS解析基礎
本日の統合TVは、2015年7月22日(水) ～ 8月6日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、アメリエフ株式会社 山口 昌男 氏 による「NGS解析 - NGS解析基礎」をお送りします。約4時間33分です。
講義資料PDF (2015.09.02版; 約3MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
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見どころダイジェスト
- 03:40 1. 講義内容
- 04:35 2. ファイル形式〜NGS 解析でよく使われるファイル形式〜
- 06:24 3. ファイル形式 | fastq
- 15:24 4. ファイル形式 | bam/sam
- 41:27 5. ファイル形式 | vcf
- 54:26 6. ファイル形式 | bed
- 01:06:01 7. ファイル形式 | fasta
- 01:14:16 8. データの入手の仕方
- 01:20:34 9. データの可視化〜Integrative Genomics Viewer (IGV)〜
- 01:34:00 10. データの可視化 | インデックスの作成
- 01:46:30 11. データの可視化 | インデックスの作成〜IGV の場合〜
- 01:58:46 12. 質問「登録されていないゲノムデータを IGV で使用したい場合は？」
- 02:02:01 13. データのクオリティチェック〜FastQC〜
- 02:26:13 14. 質問「データの使える使えないの基準は？」＆その他質疑応答
- 02:39:30 15. マッピング
- 02:51:31 16. マッピング〜Reseq の場合〜
- 02:59:34 17. マッピング〜RNA-seq の場合〜
- 03:09:57 18. マッピング〜Methyl-seq、その他の場合〜
- 03:12:45 19. アセンブリング
- 03:19:00 20. 質問「作業時間とその作業に必要なメモリの見積もりは？」
- 03:29:30 21. 休憩時間中の質疑応答、その他 (Vague)
- 03:38:49 22. Velvet 〜初めて Velvet を使ってみる〜
- 03:47:58 23. Velvet 〜velveth〜
- 03:55:05 24. Velvet 〜velvetg〜
- 03:59:11 25. Velvet 〜Velvet に必要なメモリ〜
- 04:03:12 26. Velvet 〜Velvet を GUI で動かす (Vague を使用)〜
- 04:10:12 27. Velvet 〜Vague の実行〜
- 04:24:32 28. Velvet 〜Vague の実行結果〜
動画ファイルのダウンロード
151113NGS_yamaguchi.mov