見どころダイジェスト

• 05:33 1. おさらい
• 07:38 2. 解析基礎2 (「基本的な利用法」PDF 中)
• 09:56 3. 作業ディレクトリとフォルダ中のファイルの確認
• 15:17 4. コマンド群のコピペと実行結果
• 21:48 5. コードの中身の説明
• 24:02 6. R コード中の色の使い分けの説明とそれを踏まえた応用例
• 36:54 7. ありがちなミス
• 45:40 8. コード内部の説明〜読み込み〜
• 53:08 9. コード内部の説明〜行列要素へのアクセス〜
• 01:05:31 10. Tips: 関数とオプション
• 01:07:11 11. Tips: タブ補完
• 01:09:21 12. Tips: table 関数
• 01:13:20 13. Mac の標準テキストエディタについて
• 01:17:11 14. Tips: ソート
• 01:22:24 15. Tips: is.element 関数
• 01:27:22 16. Tips: "二重クォーテーション"
• 01:28:55 17. 目的をおさらい
• 01:38:42 18. 例題1、例題12、例題13
• 01:44:31 19. リアル RNA-seq カウントデータ (数値行列データ)
• 01:45:51 20. カウントデータ
• 01:47:15 21. 数値行列
• 01:51:35 22. xls形式ファイルもOK
• 01:55:47 23. #以降は無視される
• 01:56:42 24. 作業フォルダと解析ファイルの存在確認、及び詳細情報の確認
• 01:59:45 25. Linux の場合
• 02:01:08 26. 入力ファイルの読み込み確認
• 02:16:40 27. head 関数
• 02:23:00 28. colnames 関数
• 02:24:08 29. paste 関数
• 02:26:14 30. length は要素数
• 02:29:31 31. 列の並びがイマイチ (subsetting の具体的なテクニック)
• 02:32:50 32. 列名で並び替え
• 02:36:00 33. cbind 関数
• 02:36:00 34. cbind 関数
• 02:42:10 35. 例題41 (データの概観)
• 02:51:50 36. colSums, range 関数
• 02:54:12 37. apply, min, max 関数
• 02:57:08 38. colMeans, rowMeans 関数
• 03:00:06 39. summary 関数
• 03:05:14 40. 各種の補正
• 03:08:39 41. TCC パッケージを用いたクラスタリング (例題7)
• 03:20:27 42. サブセット抽出と整形 (例題42)
• 03:27:01 43. R各種パッケージ (中級)：代表的なパッケージの利用法
• 03:29:43 44. 基本情報取得 (コンティグ数、配列長、N50、GC含量)
• 03:34:12 45. 基本情報取得 〜N50 とは〜
• 03:34:12 46. 基本情報取得 〜N50 とは〜
• 03:36:33 47. 基本情報取得 〜コード内部の説明〜
• 03:43:58 48. 基本情報取得 〜Tips: 条件判定〜
• 03:49:38 49. 任意の領域の切り出し
• 03:51:31 50. 任意の領域の切り出し〜Tips: 関数のオプション〜
• 04:00:04 51. 任意の領域の切り出し〜Tips: 関数の使用法〜
• 04:04:29 52. 任意の領域の切り出し〜FastQCと同じ結果を得る〜
• 04:07:16 53. 任意の領域の切り出し〜Overrepresented seq. (例題4)〜
• 04:11:01 54. GC 含量計算部分の説明
• 04:25:36 55. GC 含量計算部分の説明〜配列ごとの GC 含量を計算〜