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【NGSハンズオン2015】UNIX/Linuxとスクリプト言語 - Linux基礎
本日の統合TVは、2015年7月22日(水) ～ 8月6日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「UNIX/Linuxとスクリプト言語 - Linux基礎」をお送りします。約3時間52分です。
講義資料PDF (2015.07.21版; 約10MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
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見どころダイジェスト
- 05:00 1. Linux (コマンド) 習得の意義
- 09:00 2. テストデータ取得〜wgetの場合〜
- 33:02 3. テストデータ取得〜ドラッグ&ドロップの場合〜
- 50:05 4. テストデータ取得〜共有フォルダ経由の場合〜
- 01:03:22 5. Integrative Genomics Viewer (IGV) のインストール
- 01:26:21 6. findコマンド
- 01:28:51 7. 日本乳酸菌学会誌のNGS連載第4回のW7-1以降
- 01:29:28 8. FastQC (ver. 0.10.1) preinstalled in Bio-Linux 8
- 02:26:51 9. FastQC のバージョン情報
- 02:28:57 10. FastQC (ver. 0.10.1) の実行結果
- 02:30:50 11. FastQC (ver. 0.11.3)
- 02:33:00 12. FastQC (ver. 0.11.3) : ダウンロード
- 02:44:52 13. FastQC (ver. 0.11.3) : 解凍
- 02:50:14 14. FastQC (ver. 0.11.3) : パス (のイントロ)
- 02:55:41 15. FastQC (ver. 0.11.3) : 正規表現
- 03:06:48 16. FastQC (ver. 0.11.3) : パスを通す
- 03:24:05 17. FastQC ver. 0.11.3 と ver. 0.10.1 の違い
- 03:32:15 18. Genome Analysis Toolkit (GATK) の取得
- 03:46:17 19. Bio-Linux8のovaファイル
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151107NGS_kadota.mov