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2015-09-19

_ [NGS][可視化][ゲノム][発現情報] SraTailorを使ってChIP-seqデータを簡単に可視化する

SraTailorを使ってChIP-seqデータを簡単に可視化する

SraTailorは、既報のChIP-seqデータを簡単な操作で、半自動的に可視化することができるソフトウェアです。

可視化したいデータのアクセッション番号を入力するだけで、NCBI Sequence Read Archive (SRA)などに代表される公共データベースから生データを取得し、各種計算を経て、IGVで閲覧可能なbigWig形式ファイルに変換する作業を自動化することができます。

SraTailorは、九州大学大学院 医学研究院 発生再生医学分野 沖 真弥 助教 により開発・運用されています。沖 助教 によるセミナー「既存のChIP-seqデータを全て可視化する」も統合TVにて公開されています。

※動画にはBGM音声が付与されていますので、閲覧の際にはご注意ください。

YouTube版 はこちらです。

  1. 1. SraTailorのダウンロード・インストール方法 (0分42秒)
  2. 2. BigWigファイルを作る方法 (2分47秒)
  3. 3. オプションの解説 (3分39秒)
  4. 4. 出力されたBigWigファイルをIGVで閲覧する (5分27秒)

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また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: genome, SraTailor, visualization, ChIP,Chip-seq
References: 25324176


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