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2015-03-16

_ [配列解析][塩基配列] Clustal Omega を使ってマルチプルアラインメントを行う

Clustal Omega を使ってマルチプルアラインメントを行う

Clustal Omega (「クラスタルオメガ」と読みます) は複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる(多重(マルチプル)アラインメント)ツールです。アラインメントは、タンパク質ファミリーの保存残基を探したり、二次構造や三次構造の予測を助けたり、PCRプライマーの設計に一役買ったり、分子進化解析の基礎データともなります。今回紹介するEBIのClustal Omegaでは、Jalviewを使ってアラインメントの結果を視覚的に見ることもできます。

今回は例として、ヒト、マウス、ブタの各生物種における脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)ファミリーの塩基配列をサンプル配列として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。

YouTube版はこちらです。

  1. 1. Javaのインストール (00:20)
  2. 2. EBIのClustal Omegaのサイト (2:22)
  3. 3. Result Summaryから結果を見る (4:14)
  4. 4. マルチプルアラインメントを見る (5:00)
  5. 5. Jalviewを使ってアラインメントを見る (6:07)
  6. 5. 系統樹を見る (7:50)

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Keywords: clustal omega, alignment,アラインメント


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