2015-02-27 InterProを使ってアミノ酸配列からタンパク質の機能を予測する

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InterProはタンパク質のファミリー・ドメイン・モチーフに関するさまざまなデータベースを統合した EBI (European Bioinformatics Institute)のサービスです。この動画では、InterProの使い方を、DB検索ツールであるInterProScanを用いて説明しています。ある一つのアミノ酸配列をInterProが統合している複数のデータベースにまとめて検索にかけ、問い合わせた配列にヒットしたタンパク質ファミリーやドメイン・リピート構造を効率的に推測することができます。 この動画では機能既知のタンパク質(ヒトの脂肪代謝関連遺伝子の一つである PPARG)の配列を用いていますが、機能未知のタンパク質のアミノ酸配列を検索にかけることで、配列解析による機能アノテーションを簡単に行うことができます。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2015.016

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