InterProを使ってアミノ酸配列からタンパク質の機能を予測する

InterProはタンパク質のファミリー・ドメイン・モチーフに関するさまざまなデータベースを統合した EBI (European Bioinformatics Institute)のサービスです。この動画では、InterProの使い方を、DB検索ツールであるInterProScanを用いて説明しています。ある一つのアミノ酸配列をInterProが統合している複数のデータベースにまとめて検索にかけ、問い合わせた配列にヒットしたタンパク質ファミリーやドメイン・リピート構造を効率的に推測することができます。 この動画では機能既知のタンパク質(ヒトの脂肪代謝関連遺伝子の一つである PPARG)の配列を用いていますが、機能未知のタンパク質のアミノ酸配列を検索にかけることで、配列解析による機能アノテーションを簡単に行うことができます。

見どころダイジェスト

  • 00:46 1. アミノ酸配列を入力する
  • 01:30 2. 検索結果の見方
  • 02:48 3. 検索結果として出てきた特徴について詳しく見る
  • 03:42 4. 同じ特徴を持つタンパク質のリストを得る

動画ファイルのダウンロード

150227InterPro.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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