2014-10-10 BioMart v0.9を使い倒す 〜Enrichment analysis編〜

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BioMartは、European Bioinformatics Institute(EBI),Ontario Institute for Cancer Research (OICR), San Raffaele Scientific Institute(SRSI)が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システム-です。BioMartにはソフトウェア版もありますが、この動画ではウェブブラウザで利用で-きるポータルの使い方を紹介しています。今回は、v0.9で新たな機能として追加された"E-NRICHMENT ANALYSIS”の使い方を説明しています。サンプルとしてメラニン細胞と線維芽細胞から作成したiPS細胞の遺伝子発現データ(GSE23034)を用いています。クエリに入力する遺伝子リストは、GEO2Rを用いて2種の細胞間で有意差があった遺伝子上位100個のマイクロアレイIDを取得し、そこからRefseqIDを抽出したものを使用しています。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2014.052

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