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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2014-10-10

_ [ゲノム][遺伝子][可視化][ポータル] BioMart v0.9を使い倒す 〜Enrichment analysis編〜

BioMart v0.9を使い倒す 〜Enrichment analysis編〜

BioMartは、European Bioinformatics Institute(EBI), Ontario Institute for Cancer Research (OICR), San Raffaele Scientific Institute(SRSI)が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システム­です。

BioMartにはソフトウェア版もありますが、この動画ではウェブブラウザで利用で­きるポータルの使い方を紹介しています。

今回は、v0.9で新たな機能として追加された"E­NRICHMENT ANALYSIS”の使い方を説明しています。サンプルとしてメラニン細胞と線維芽細胞から作成したiPS細胞の遺伝子発現データ(GSE23034)を用いています。クエリに入力する遺伝子リストは、GEO2Rを用いて2種の細胞間で有意差があった遺伝子上位100個のマイクロアレイIDを取得し、そこからRefseqIDを抽出したものを使用しています。

YouTube版はこちらです。

※動画にはBGM音声が付与されていますので、閲覧の際にはご注意ください。

  1. 1. 生物種の選択 (0分34秒)
  2. 2. 解析したい遺伝子セットの入力 (0分50秒)
  3. 3. BackgroundやFilterの設定 (1分54秒)
  4. 4. 解析結果の見方 (2分42秒)

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