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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2014-08-30

_ [ゲノム][遺伝子][塩基配列][ポータル] BioMart v0.9を使い倒す 〜遺伝子情報や配列を取得する〜

BioMart v0.9 を使い倒す 〜遺伝子情報や配列を取得する〜

BioMartは、European Bioinformatics Institute(EBI), Ontario Institute for Cancer Research (OICR), San Raffaele Scientific Institute(SRSI)が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システムです。

BioMartにはソフトウェア版もありますが、この動画ではウェブブラウザで利用できるポータルの使い方を紹介しています。v0.9では新たな機能として"ENRICHMENT ANALYSIS"が追加されましたが、今回は以前のバージョンからある"BROWSE DATA", "ID CONVERSION", "SEQUENCE RETRIEVAL"という3つの機能を紹介しています。例として、ヒトとマウスが共通して持つ全遺伝子の遺伝子座のリストを取得する方法と、あるデータベースのIDを別のデータベースのIDに変換する方法、マウスの全遺伝子の上流1000塩基の配列を取得する方法を紹介しています。

YouTube版はこちらです。

※動画にはBGM音声が付与されていますので、閲覧の際にはご注意ください。

  1. 1. BROWSE DATA の使い方 (0分25秒)
  2. 2. ID CONVERSION の使い方 (4分32秒)
  3. 3. SEQUENCE RETRIEVAL の使い方 (5分43秒)

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