2014-02-28 aLeavesとMAFFTを使ってアミノ酸配列収集と系統樹推定を行う

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aLeavesは、 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター ゲノム資源解析ユニットが提供する、分子系統解析のためのツールです。ある1つのアミノ酸配列を用意するだけで、BLAST検索によって、必要な生物種のアミノ酸配列データベースから類似タンパク質を収集できます。配列は産総研CBRCの提供するMAFFT配列アラインメントサーバに送られ、配列のクラスタリング→取捨選択→アラインメント→系統樹推定→取捨選択→アラインメント...という分子系統解析の一連の作業を簡単に行うことができます。 なお、ここで用意されている系統樹推定法は比較的簡易なNJ法とUPGMAであり、ML法によるより厳密な系統樹解析は、配列ファイルをダウンロードして手元の計算機か他のサービスで行う必要があります。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2014.012

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