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2014-02-28

_ [配列解析][タンパク質][アミノ酸][可視化][遺伝子] aLeavesとMAFFTを使ってアミノ酸配列収集と系統樹推定を行う

aLeavesとMAFFTを使って1つのアミノ酸配列から系統樹を推定する

aLeavesは、 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター ゲノム資源解析ユニットが提供する、分子系統解析のためのツールです。ある1つのアミノ酸配列を用意するだけで、BLAST検索によって、必要な生物種のアミノ酸配列データベースから類似タンパク質を収集できます。

配列は産総研CBRCの提供するMAFFT配列アラインメントサーバに送られ、配列のクラスタリング→取捨選択→アラインメント→系統樹推定→取捨選択→アラインメント...という分子系統解析の一連の作業を簡単に行うことができます。

なお、ここで用意されている系統樹推定法は比較的簡易なNJ法とUPGMAであり、ML法によるより厳密な系統樹解析は、配列ファイルをダウンロードして手元の計算機か他のサービスで行う必要があります。

※動画にはBGM音声が付与されていますので、閲覧の際にはご注意ください。

YouTube版はこちらです。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. aLeaves: BLASTによるmultifastaの取得 (0分28秒)
  2. 2. aLeaves: 取得したデータの見方とMAFFTへの移行 (2分34秒)
  3. 3. MAFFT: 配列の取捨選択 (3分41秒)
  4. 4. MAFFT: 選択した配列のアラインメント (5分43秒)
  5. 5. MAFFT: アラインメントをもとにした系統樹推定 (6分18秒)

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また、JavaScriptをOnにする必要があります。
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