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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2014-01-22

_ [タンパク質][可視化][構造解析] PDBのJmolを利用してタンパク質の立体構造を調べる~応用編~

PDBのJmolを利用してタンパク質の立体構造を調べる~応用編~

PDB(Protein Data Bank)はRCSBが公開しているタンパク質構造データベースです。PDBにはJmolという分子構造ビューワーが埋め込まれており、簡単なブラウザ上での操作によって、立体構造を調べたり画像ファイルを出力したりすることができます。基本編ではマウス操作で使える機能に絞って解説しましたが、今回はコマンドを用いてより詳細に表示を指定する方法について解説します。タンパク質の検索方法など、PDB自体の使い方については、RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる 2011をご覧ください。

※動画にはBGM音声が付与されていますので、閲覧の際にはご注意ください。

Get the Flash Player to see this movie.この動画を再生するにはAdobe Flash Player (無料)が必要です

また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: PDB,Jmol,タンパク質,構造,分子,ビューワー,ブラウザ,画像

YouTube版はこちらです。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. タンパク質の表示モデルを指定する(0分32秒)
  2. 2. タンパク質の配色を指定する(2分45秒)
  3. 3. 注目したい部位のみを表示する(4分25秒)
  4. 4. タンパク質の切断面を表示する(6分4秒)

以下に基本的なコマンドを示します。

原子の選択・表示に関するコマンド(~には原子を指定する表現(※)が入ります。)

  1. 「select ~」 ~を選択
  2. 「display ~」 ~のみを表示
  3. 「hide ~」 ~を非表示
  4. 「center ~」 ~を画面の中心にする

表示モデルを指定するコマンド(~には「on」「off」または太さ・直径(Å)が入ります。)

  1. 「cartoon ~」 カートゥーンモデル
  2. 「wireframe ~」 ワイヤーフレームモデル
  3. 「spacefill ~」 空間充填モデル
  4. 「backbone ~」 バックボーンモデル

色を指定するコマンド

  1. 「color ~」 ~の色にする(~には「red」「green」などが入ります。)
  2. 「color cpk」 元素ごとに色分けする
  3. 「color amino」 アミノ酸ごとに色分けする
  4. 「color structure」 二次構造ごとに色分けする

※原子を指定する表現(atom expression)には、「all」(すべての原子), 「_Cu」(銅原子), 「[H2O]」(水の原子), 「Cys」(システインの原子), 「:A」(α鎖の原子)などがあります。他のコマンドや様々な原子の表現方法を知りたい場合は、Jmol/JSmol interactive scripting documentationを参照してください。 


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