PDBのJmolを利用してタンパク質の立体構造を調べる~応用編~

PDB(Protein Data BankはRCSBが公開しているタンパク質構造データベースです。PDBにはJmolという分子構造ビューワーが埋め込まれており、簡単なブラウザ上での操作によって、立体構造を調べたり画像ファイルを出力したりすることができます。基本編ではマウス操作で使える機能に絞って解説しましたが、今回はコマンドを用いてより詳細に表示を指定する方法について解説します。タンパク質の検索方法など、PDB自体の使い方については、RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる 2011をご覧ください。

見どころダイジェスト

  • 00:32 1. タンパク質の表示モデルを指定する
  • 02:45 2. タンパク質の配色を指定する
  • 04:25 3. 注目したい部位のみを表示する
  • 06:04 4. タンパク質の切断面を表示する

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140117AJACSezo_nishikata.mov

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