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2013-10-17

_ [パスウェイ解析][可視化] Cytoscapeを使い倒す ~インストール・基本操作編~

Cytoscapeを使い倒す ~インストール・基本操作編~

Cytoscapeとは、生物学上のパスウェイや分子間相互作用ネットワークを可視化&解析できるフリーソフトです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。外部のデータベースから情報を取得したり、ネットワークに関する情報を統合することもできます。

今回は、その導入方法と基本的な使い方について説明します。

Cytoscapeの使い方の資料としてこちらの講習会で使われたPDFもあります。

以下の画像をクリックすると2015年作成の最新版が再生されます。

※動画にはBGM音声が付与されていますので、閲覧の際にはご注意ください。

2013年版はYouTubeから見ることができます。

最新版のYouTube版はこちらです。

  1. 1. Cytoscape のダウンロードとインストール (0分00秒)
  2. 2. ノードとエッジの追加・名前変更 (1分20秒)
  3. 3. ノードとエッジの設定変更 (3分35秒)
  4. 4. ネットワークのスタイル変更 (5分55秒)

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また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: cytoscape,pathway,molecular,network,ネットワーク,パスウェイ
References: 14597658


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