Cytoscapeを使いこなす ~インストール・基本操作編~

Cytoscapeとは、生物学上のパスウェイや分子間相互作用ネットワークを可視化&解析できるフリーソフトです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。外部のデータベースから情報を取得したり、ネットワークに関する情報を統合することもできます。今回は、その導入方法と基本的な使い方について説明します。Cytoscapeの使い方の資料としてこちらの講習会で使われたPDFもあります。

見どころダイジェスト

  • 00:00 1. Cytoscape のダウンロードとインストール
  • 01:20 2. ノードとエッジの追加・名前変更
  • 03:35 3. ノードとエッジの設定変更
  • 05:55 4. ネットワークのスタイル変更

動画ファイルのダウンロード

131017cytoscape1.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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