2013-07-17 GeneSigDBを使って ある生命現象を特徴づける遺伝子セットを検索・比較する

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GeneSigDBはPubMedに登録されている論文の中から、ある生命現象を特徴づける遺伝子セット(gene signatures)を手動で抽出し整理したデータベースです。登録されているデータは、ヒト、マウス、ラットの、主にがん、肺疾患、発生や幹細胞分化の論文を元にしています。 論文名、遺伝子名あるいはEnsembl IDから遺伝子セットを検索することができます。また、これらの遺伝子セットを比較して、重複している遺伝子を探したり、遺伝子セット間の関連度を解析することができます。解析にはフィッシャーの正確確率検定(超幾何分布)を用いています。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2013.050

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