2013-05-23 ESTデータベース Entrez Unigeneを使って遺伝子の配列情報を取得する

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Unigeneは、NCBIが提供するデータベース統合検索システム Entrez (アントレと読みます: 2013年5月24日現在EntrezはGQueryというサービスに変更されています。) に含まれるデータベースの一つです。Unigeneは遺伝子のESTデータベースであり、様々な遺伝子のEST配列を取得することが出来ます。ESTとは"expressed sequence tag"の略でRNAの一部に当たる短い配列であり、転写産物の“目印”として使われています。また、検索した生物と他の生物種のタンパク質配列を比較することで機能を類推したり、ESTが生物の体のどの部位、発生段階で得られているかなども知ることが出来ます。今回は、マウスのsox2遺伝子を例にしてUnigeneで閲覧できる様々なアノテーション情報を調べ、それらを取得する方法について紹介します。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2013.031

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