タンパク質配列・構造解析ツールStrapを使い倒す 発展編

Strapは、複数のタンパク質を立体構造や配列を比較しながら整理できる、フリーのJavaアプリケーションです。タンパク質の系統樹の作成や二次構造の予測、また整理した配列を図に変換することもできます。OSはWindows, Macintosh, Linux, Unixに対応しています。今回はStrapの発展的な使い方として、キャッシュを用いない検索、3D画像の重ねあわせ、相同性の可視化、系統樹の作成、ドットプロット、二次構造の予測の方法などを紹介しています。

見どころダイジェスト

  • 00:42 1.PDBファイルの関連付け・キャッシュを用いない検索
  • 03:17 2.3D画像の重ねあわせ
  • 04:50 3.相同性の可視化
  • 06:30 4.系統樹の作成
  • 07:41 5.アミノ酸配列/塩基配列の切り替えが可能なドットプロット
  • 08:57 6.アミノ酸配列からの二次構造予測

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130424Strap2.mov

再利用時のライセンス

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