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2013-02-27

_ [アミノ酸][タンパク質][構造解析][配列解析][可視化][二次構造] タンパク質配列・構造解析ツールStrapを使い倒す 〜基本編〜

タンパク質配列・構造解析ツールStrapを使い倒す 〜基本編〜

Strapは、複数のタンパク質を立体構造や配列を比較しながら整理できる、フリーのJavaアプリケーションです。タンパク質の系統樹の作成や二次構造の予測、また整理した配列を図に変換することもできます。OSはWindows, Macintosh, Linux, Unixに対応しています。

今回はStrapの基礎的な使い方として、アプリケーションのインストール、アミノ酸配列の色分け、タンパク質の3D画像の表示、アミノ酸配列の編集、図への変換、データのインポートとエクスポートの方法などを紹介しています。

発展編はこちらです。

※動画にはBGM音声が付与されていますので、閲覧の際にはご注意ください。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1.Strapのインストール (0分28秒)
  2. 2.インターフェースの説明 (1分31秒)
  3. 3.アミノ酸配列の色分け (2分5秒)
  4. 4.タンパク質の3D画像(.PDB)の表示 (3分51秒)
  5. 5.タンパク質の立体構造(類似構造)ファイルの検索 (5分51秒)
  6. 6.アミノ酸配列のalign、ギャップ挿入 (8分18秒)
  7. 7.読み込まれているデータファイルのコピー (9分13秒)
  8. 8.アミノ酸配列を元にしたWordファイル、図の作成 (9分46秒)
  9. 9.ワードパッド、Webブラウザからドラッグ&ドロップによるデータのインポート(10分17秒)

YouTube版はこちらです。

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