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2013-02-26

_ [タンパク質][可視化][構造解析] PDBのJmolを利用してタンパク質の立体構造を調べる〜基本編〜

PDBのJmolを利用してタンパク質の立体構造を調べる〜基本編〜

PDB(Protein Data Bank)はRCSBが公開しているタンパク質構造データベースです。PDBにはJmolという分子構造ビューワーが埋め込まれており、簡単なブラウザ上での操作によって、立体構造を調べたり画像ファイルを出力したりすることができます。今回は、このJmolの使い方を詳しく解説します。タンパク質の検索方法など、PDB自体の使い方については、RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる 2011をご覧ください。

YouTube版はこちらです。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. タンパク質の立体構造を表示する(38秒)
  2. 2. マウス操作でタンパク質を動かす(1分57秒)
  3. 3. Display Optionsで表示の設定をする(3分33秒)
  4. 4. 画像ファイルを出力する(4分30秒)
  5. 5. 特定の鎖だけを表示する(5分28秒)

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また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: PDB,Jmol,タンパク質,構造,分子,ビューワー,ブラウザ,画像


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