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2012-09-11

_ [ポータル][遺伝子][発現情報] 遺伝子発現プロファイルデータベースBioGPSを使い倒す 2012

遺伝子発現プロファイルデータベースBioGPSを使い倒す

BioGPS(「バイオジーピーエス」と読みます)はAffymetrix社製のマイクロアレイであるGeneChipを用いたヒト、マウス、ラットのさまざまな組織や細胞(株)における遺伝子発現プロファイルのデータベースです。

検索した遺伝子に対して、種々の外部データベースを横断検索することができるだけでなく、それらの設定を保存したり、表示方法を自由にカスタマイズすることができることが特徴です。また参照できる外部データベースは、Wikipedia(Gene Wiki)、著名な試薬会社の検索窓へのリンク集、pathway、Nature系DB、モデル生物DB、文献DBなど多種多様で、マウスのエキソンアレイのデータから遺伝子のスプライシングバリアント(Splicing variant)の発現状況やCircadian関係のデータを調べることが可能です。

さらに最近のアップデートで、NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)中から選抜されたデータセットに切り替えて発現状況を調べることが可能になっています。

※動画にはBGM音声が付与されていますので、閲覧の際にはご注意ください。

YouTube版はこちらです。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. BioGPS で遺伝子を検索する。(33秒)
  2. 2. 発現強度のグラフを活用する。(2分11秒)
  3. 3. マウスの発現データを見る。(3分27秒)
  4. 4. データセットの検索と切替え。(5分22秒)
  5. 5. 外部のデータベースを見る。(8分05秒)

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また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: biogps,gene expression,database,profile


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