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2012-07-13

_ [タンパク質][構造解析][可視化] CueMol2でタンパク質の構造を見る 〜応用編・2〜

CueMol2でタンパク質の構造を見る 〜応用編・2〜

CueMol2はタンパク質はじめ生体高分子の構造を見るための日本製のフリーソフトウェアです。

統合TV「CueMol2でタンパク質の立体構造を見る」「CueMol2でタンパク質の立体構造を見る・2」に引き続き、「CueMol2 でタンパク質の立体構造を見る 〜応用編・1〜」およびこの動画ではタンパク質分子のモデルを可視化し、分子の性質を探ったりより美しい分子のグラフィックを作製したりといった、さらに応用的な使い方を紹介します。

今回の動画では「分子表面の生成」「溶媒接触表面など分子の断面の生成」「APBSによる静電ポテンシャルマップの生成」「分子重ね合わせ」の方法を紹介します。

※動画にはBGM音声が付与されていますので、閲覧の際にはご注意ください。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. 分子表面の生成(18秒)
  2. 2. 溶媒接触表面など分子の断面の生成(1分44秒)
  3. 3. APBSによる静電ポテンシャルマップの生成(3分25秒)
  4. 4. 分子重ね合わせ(6分15秒)

【動画中に登場するウェブサイト及びウェブページ】

  1. APBS ( Adaptive Poisson-Boltzmann Solver ) 静電ポテンシャルの計算
  2. PDB2PQR より厳密な静電ポテンシャルの計算
  3. Python PDB2PQRに必要なプログラミング言語(Macではインストール不要)
  4. CueMol2 - APBSを使った静電ポテンシャルマップの計算と表示 上記ファイルの一括ダウンロード

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また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: タンパク質

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