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統合TVの論文が Briefings in Bioinformatics に掲載されました！（2011/7/29）

TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. （2011/7/29）
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2012-05-24

_ [発現情報][遺伝子] NCBI GEOの使い方5〜GEO2Rを使う〜

NCBI GEOの使い方5〜GEO2R を使う〜

NCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。

今回はGEOの使い方第5弾として、GEOに登録されているマイクロアレイ実験のデータを、フリーのデータ解析環境 R をベースに解析できるツール GEO2R の使い方を説明します。

GEOに登録されているデータから、それぞれのサンプルを発現量の差を調べたいグループに分け、検定の結果発現量に差が大きいとされた上位の遺伝子を表示するまでの流れを例にあげています。

Rの導入方法についてはWin版、Mac版を、使い方の例としてはこちらをご覧ください。

Get the Flash Player to see this movie.この動画を再生するにはAdobe Flash Player (無料)が必要です

また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: NCBI GEO, Microarray, R, gene expression, 遺伝子発現, マイクロアレイ

各項目の詳細や多重検定方法については番組作成の際の調査履歴に掲載していますので、下記URLをご参考ください。(誤りがあればご指摘ください)

http://d.hatena.ne.jp/kumodol/20120313/1331644748

http://d.hatena.ne.jp/kumodol/20120409/1333975930

※動画にはBGM音声が付与されていますので、閲覧の際にはご注意ください。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. グループ選択(59秒)

  2. 2. 発現分布のチェック(2分42秒)

  3. 3. 検定の実行結果(4分1秒)

  4. 4. オプションの変更(6分36秒)

  5. 5. 特定の遺伝子の発現量(7分26秒)

  6. 6. Rのスクリプト(8分51秒)

YouTube版はこちらです。

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