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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2012-03-11

_ [presentation][JST][BIRD] 【ゲノムリテラシー講座】分子生物学データベース(講義1)

【ゲノムリテラシー講座】分子生物学データベース(講義1)
本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター(BIRD) ゲノムリテラシー講座において2009年9月26日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎:分子生物学データベース から、村上 勝彦 (社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム)による「分子生物学データベース(講義1)」をお送りします。約68分です。 YouTube版はこちらです。
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Keywords: DBCLS,NBDC,BIRD,JST
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原著作者はバイオサイエンスデータベースセンターですCopyright holder is National Bioscience Database Center, JST. Creative Commons License

スライドをクリックすると、その場面から動画が再生されます。When a slide is clicked, video is played from the scene.

title バイオインフォマティクスの基礎:分子生物学データベース・分子系統解析 はじめに 分子生物学データベースのデータの対象範囲は様々 医学・生物学分野の文献データベース MEDLINE(R) PubMed PubMedのホームページ MeSH MeSHと検索条件の翻訳(1) MeSHと検索条件の翻訳(2) 検索結果:MEDLINE形式(1) 検索結果:MEDLINE形式(2) ゲノムDB ゲノムDB1_NCBI Map Viewer(NCBI) NCBIトップページ NCBIのヒトゲノム情報資源 NCBIのゲノムマップ(ヒト21番染色体) NCBIのゲノムマップ(IL4遺伝子) ゲノムDB2_Ensembl Ensembl(http://www.ensembl.org/) Ensembl Ensemblの主な機能 Ensembl species PhyloWidget:系統樹から種を探す Bacteria Ensembl Ensembl(ヒト)の統計 Ensemblのヒトの遺伝子情報(Gene Summary上部) Ensemblのヒトの遺伝子情報(Gene Summary下部) EnsemblのBioMartによるデータマイニング Ensemblトップ画面 Ensembl BioMart BioMart:フィルター(検索条件)の選択 BioMart:属性(取得情報)の選択 BioMart:出力データとフォーマットを選択 ゲノムDB3_UCSC Genome Browser(UCSC) UCSCゲノムブラウザ UCSCのゲノムブラウザの主なサービス UCSCゲノムブラウザ(http://genome.ucsc.edu/) UCSCゲノムブラウザ(ヒト) UCSCゲノムブラウザで見られる項目(Track) Table Browser Genome Graph:ゲノム座標上の数値データ表示 Gene Sorter:遺伝子発現データ VisiGene さらなる学習資料 DNA配列のデータベース International Nucleotide Sequence Database(INSD) DNA Data Bank of Japan(DDBJ) DDBJ DDBJのデータ公開形式(flat file)の説明 DDBJの主な入力情報 DDBJエントリーの例(D12345) 分子タイプ、分子形態、および区分 Division(区分) Feature(特徴)、Location(配列上の位置)およびQualifier(さらに特定) 生物種ごとのデータ量ランキング(r.73、2008)

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