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TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2012-03-10

_ [presentation][JST][BIRD] 【ゲノムリテラシー講座】タンパク質立体構造解析(講義3)

【ゲノムリテラシー講座】タンパク質立体構造解析(講義3)
本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター(BIRD) ゲノムリテラシー講座において2009年9月12日に開催された、バイオインフォマティクス基礎講座:配列解析、タンパク質立体構造解析 から、川端 猛 (奈良先端科学技術大学院大学)による「配列解析基礎(講義3)」をお送りします。約46分です。 YouTube版はこちらです。
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Keywords: DBCLS,NBDC,BIRD,JST
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原著作者はバイオサイエンスデータベースセンターですCopyright holder is National Bioscience Database Center, JST. Creative Commons License

スライドをクリックすると、その場面から動画が再生されます。When a slide is clicked, video is played from the scene.

title 「配列解析」のキーワード(蛋白質機能予測) タンパク質の構造・性質による大きな分類 球状タンパク質の疎水性アミノ酸 疎水性指標による内外予測 予測結果と実際の埋もれ度との比較 不定形タンパク質 膜タンパク質 アミノ酸配列から膜貫通ヘリックスを予測するサーバ H19問71 H19問71(解答) 「タンパク質構造解析」のキーワード(構造比較) 立体構造の決定法 PDBフォーマット 立体構造描画のフリーウェア・シェアウエア H19問51 H19問51(解答) H20問59 H20問59(解答) 立体構造のスタイル 蛋白質:ペプチド結合したアミノ酸群 フォールディング(折り畳み)という現象 質問_シャペロンで立体構造が形成されるのではないのか? 立体構造によるタンパク質の分類 立体構造分類データベースSCOP クラス アミノ酸配列と立体構造の関係 アミノ酸配列がほとんど似ていなくても立体構造は似ている場合がある アミノ酸配列の変化と立体構造の変化の相関(グロビン族) 2つの構造の類似性 fold 多く現れるフォールド(出現ドメイン数) スーパー・フォールド(Superfold) 三本ヘリックスバンドル TIMバレル フェレドキシン様 免疫グロブリン様 P-loopスーパーファミリー ロスマンフォールド 7枚羽βプロペラ 立体構造比較プログラム タンパク質の相同性の判断基準 H20問63 H20問63(解答) 「タンパク質構造解析」のキーワード(構造予測) 2次構造予測 アミノ酸ごとに2次構造のなりやすさに差がある Chou-Fasmanの方法(1974) GOR法(Garnier、Osguthorpe、Robson、1978) ニューラルネットワークによる方法(Qian & Sejnowski、1988) PHD法(Rost & Sander(1993)) 2次構造予測の現状のまとめ 2事項像予測の例 H20問62 H20問62(解答) タンパク質の立体構造予測 3次構造予測(1):Ab initio予測 フラグメント・アセンブリ法 H20問65 H20問65(解答) 3次構造予測(2):比較モデリング スレッディング法(3D-1D法) モデリング モデリングした構造の精度と用途 H19問52 H19問52(解答) H19問72 H19問72(解答) H20問64 H20問64(解答)

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