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TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2012-03-09

_ [presentation][JST][BIRD] 【ゲノムリテラシー講座】配列解析基礎(講義2)

【ゲノムリテラシー講座】配列解析基礎(講義2)
本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター(BIRD) ゲノムリテラシー講座において2009年9月12日に開催された、バイオインフォマティクス基礎講座:配列解析、タンパク質立体構造解析 から、川端 猛 (奈良先端科学技術大学院大学)による「配列解析基礎(講義2)」をお送りします。約67分です。 YouTube版はこちらです。
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Keywords: DBCLS,NBDC,BIRD,JST
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原著作者はバイオサイエンスデータベースセンターですCopyright holder is National Bioscience Database Center, JST. Creative Commons License

スライドをクリックすると、その場面から動画が再生されます。When a slide is clicked, video is played from the scene.

title 「配列解析」のキーワード(マルチプルアライメント) マルチプルアライメント(多重配列整列)とは マルチプルアライメントの目的 多重配列のスコア BLOSUM62 多重配列のスコア(続き) どうやって並べるか? 累進法 ClustalW/ClustalX 主要なマルチプルアライメントのプログラム 「配列解析」のキーワード(相同性検索) 配列相同性検索(Sequence Homology Search) 配列相同性検索の基本動作原理 配列データベースの中からクエリ配列と類似したエントリを見つけるには? BLASTのアライメントアルゴリズム BLASTの発見的アルゴリズム FASTAの発見的アルゴリズム H20問52 H20問52(解答) BLAST(blastp)の出力例(1) BLAST(blastp)の出力例(2) BLAST(blastp)の出力例(3) 類似性の指標どれだけ似ていれば意味があるのか? E-value E-valueの計算に必要なパラメータ BLAST(blastp)の出力例(2) BLAST(blastp)の出力例(1) H20問54 H20問54(解答) H19問49 H19問49(解答) タンパク質の相同性の判断基準 BLASTのプログラムの種類 DNAには相補鎖があり、それぞれ3つのアミノ酸の読み枠がある H19問48 H19問48(解答) 「配列解析」のキーワード(プロフィール法) モチーフ・プロフィールを用いた類似性 モチーフ解析 PROSITEのモチーフの記述法 PROSITEのモチーフの記述法(表記例)(1) PROSITEのモチーフの記述法(表記例)(2) PROSITEのモチーフの記述法(表記例)(3) PROSITEのモチーフの記述法(表記例)(4) PROSITEのモチーフの記述法(表記例)(5) PROSITEのモチーフの記述法(表記例)(6) H19問54 H19問54(解答) ProSiteモチーフの問題点 プロフィール法 プロフィール法 マルチプルアライメント及びプロフィール 位置特異的スコア配列 PSSMの計算例(1) PSSMの計算例(2) PSSMの計算例(3) PSSMの計算例(4) 動的計画法によるアライメント PSI-BLASTにより計算されたアミノ酸頻度 PSI-BLASTにより計算されたスコア BLASTにより発見されたホモログ BLASTにより発見されたホモログ(2) BLASTおよびPSI-BLASTにより発見されたホモログ マルチプルアライメント及びプロフィール PSI-BLASTの手続き Pfam:蛋白質ファミリのデータベース H19問50 H19問50(解答) H19問53 H19問53(解答) H20問47 H20問47(解答)

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