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TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2012-03-05

_ [presentation][JST][BIRD] 【ゲノムリテラシー講座】パスウェイ解析/システム生物学入門(講義1)

【ゲノムリテラシー講座】パスウェイ解析/システム生物学入門(講義1)
本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター(BIRD) ゲノムリテラシー講座において2010年9月7日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎:パスウェイ解析・システム生物学 から、竹本 和広 (JSTさきがけ)による「パスウェイ解析/システム生物学入門(講義1)」をお送りします。約74分です。 YouTube版はこちらです。
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Keywords: DBCLS,NBDC,BIRD,JST
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原著作者はバイオサイエンスデータベースセンターですCopyright holder is National Bioscience Database Center, JST. Creative Commons License

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title パスウェイ解析・システム生物学入門 パスウェイ解析・システム生物学の必要性 本日の流れ パスウェイ/ネットワーク入門 生体分子ネットワークの種類 グラフによる相互作用の表現 転写制御ネットワーク RegulonDB タンパク質間相互作用(PPI)ネットワーク タンパク質間相互作用の種類 PPIのデータベース 代謝パスウェイ(ネットワーク) 代謝反応における表現の注意点 代謝経路のデータベース どのようにつながっている? ランダムグラフ どのようにつながっている? ネットワークの特徴つけ 次数分布 ランダムグラフの次数分布 現実ネットワークの次数分布スケールフリー性 スケールフリー性(2) スケールフリー:言葉の意味 スケールリッチ性 Barabasi-Albertモデル クラスタ係数 平均最短パス長 スモールワールド性 Watts-Strogatzモデル ランダムではない世界 ネットワークモチーフ(1) ネットワークモチーフ(2) モチーフのプロファイル 頂点削除に対する平均最短パス長のロバスト性(1) 頂点削除に対する平均最短パス長のロバスト性(2) 頂点削除に対する平均最短パス長のロバスト性(3) 異なるハブが存在する 頂点iの重要度を測る その他の尺度 頂点の重要度と生物学的意義 コミュニティ構造 生体ネットワークにおけるコミュニティ構造の重要性 コミュニティ構造の検出 コミュニティのアサイン 相互作用の予測 系統プロファイルによる予測 共進化を用いた予測 事前知識による予測 igraph 簡単な解析 参考資料

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