2012-02-18 ArrayExpressを使い倒す2 Atlas of Gene Expressionを使って遺伝子発現状況を調べる 2012

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ArrayExpressEuropean Bioinformatics Institute (EBI)が提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。ArrayExpressは、以前紹介したNCBI GEOと双璧をなすデータベースで、主にマイクロアレイ実験で得られたデータが2012年2月16日現在、27,765実験分(801,933個のアッセイ)蓄積されています。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。 今回は、Atlas of Gene Expressionを使って、様々な実験条件における興味のある遺伝子の発現状況の高低を、グラフや色の濃淡で表示することにより、分かりやすく閲覧できる方法を紹介しています。例として、筋分化決定因子である"myogenic differentiation 1(myod)"の遺伝子発現状況を検索しました。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2012.015

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