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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2011-11-24

_ [NGS][パスウェイ解析][多型情報][発現情報] Avadis NGS の使い方〜RNA-seq編〜

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今回の統合TVでは Avadis NGS による RNA-seq 解析の方法を解説します。

Avadis NGS は次世代シーケンサ(以下 NGS)から得られたデータの解析のための商用ソフトウェアです(無料で20日間試用できます)。Strand Scientific Intelligence 社が開発、日本では Agilent 社が販売しています。

Avadis NGS ではマッピングされたショートリードのデータ(SAM や BAM フォーマット)を読み込み、クオリティ・チェックを施した上で各種の解析およびその可視化を行う、という一連の流れを一つのソフトだけで行うことができます。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1.プロジェクトの作成 (0分15秒)
  2. 2.Interpretation の作成 (1分50秒)
  3. 3.クオリティチェック (3分20秒)
  4. 4.フィルタリング (3分56秒)
  5. 5.定量化 (4分52秒)
  6. 6.Fold Change 解析 (6分43秒)
  7. 7.GO 解析 (7分57秒)
  8. 8.パスウェイ解析 (8分43秒)

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