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Avadis NGS の使い方〜RNA-seq編〜
今回の統合TVでは Avadis NGS による RNA-seq 解析の方法を解説します。 Avadis NGS は次世代シーケンサ(以下 NGS)から得られたデータの解析のための商用ソフトウェアです(無料で20日間試用できます)。Strand Scientific Intelligence 社が開発、日本では Agilent 社が販売しています。 Avadis NGS ではマッピングされたショートリードのデータ(SAM や BAM フォーマット)を読み込み、クオリティ・チェックを施した上で各種の解析およびその可視化を行う、という一連の流れを一つのソフトだけで行うことができます。
見どころダイジェスト
- 00:15 1.プロジェクトの作成
- 01:50 2.Interpretation の作成
- 03:20 3.クオリティチェック
- 03:56 4.フィルタリング
- 04:52 5.定量化
- 06:43 6.Fold Change 解析
- 07:57 7.GO 解析
- 08:43 8.パスウェイ解析
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111124Avadis_RNA_seq.mov