Rはフリーでオープンソースの統計解析環境です。Rを使うとデータの操作や計算、可視化を統合して行うことができます。豊富に用意されたサンプルデータや、対話的な解析、網羅的なパッケージアーカイブCRANが特徴です。Windows, MacOSX, Linux とマルチプラットホームで利用可能です。生命科学分野のためのRパッケージプロジェクトである『BioConductor』では、500以上のパッケージが配布されており、マイクロアレイデータなどの遺伝子発現プロファイルや質量分析データ、タンパク質相互作用データなどを解析するうえで、欠かせないものとなりつつあります。今回はRを使う上で基本的な知識や、便利なウェブサイトを紹介します。また、実際にHuman Induced Pluripotent Stem Cell Epigenomesのデータを階層的クラスタリングを用いて解析します。この解析はHotspots of aberrant epigenomic reprogramming in human induced pluripotent stem cellsのFigure 1eを元ネタにしています。