統合TV 統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。くわしくは はじめての方へ をご覧ください。ご質問、ご要望は、お問い合わせ もしくは ライフサイエンスQA からお願いします。TogoTV beta ('togo' means 'integration' in Japanese) is an archive of tutorial videos expounding how to use biological databases and tools. Although most of contents are currently depicted in Japanese, you can find English contents in TogoTV international. Please post any comments, suggestions, and requests at each content page, e-mail to the address described at the bottom of each page or contact form. This site is provided by Database Center for Life Science (DBCLS) and funded by MEXT Integrated Database Project in Japan.

新しい統合TVはこちらから!→ 統合TV

TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

番組カテゴリ:BIRD | DBCLS | EMBOSS | English | Firefox | IE6 | IE7 | IE8 | JST | NGS | PC環境設定 | commons | macosx | presentaiton | presentation | safari | winxp | アミノ酸 | ゲノム | ソフトウェア | タンパク質 | パスウェイ解析 | ポータル | 二次構造 | 化合物 | 可視化 | 塩基配列 | 多型情報 | 家系図 | 文献検索 | 構造解析 | 疾患情報 | 発現情報 | 設計ツール | 辞書 | 遺伝子 | 配列解析 Search categories: DBCLS | EMBOSS | English | Firefox | IE6 | IE7 | IE8 | commons | macosx | presentation | safari | winxp | amino acid | genome | protein | pathway analysis | portal | gene | nucleotide sequence | chemical compound | visualization | dictionary | disease information | design tool | polymorphism information | secondary structure | sequence analysis | expression profile | literature search


2011-10-24

_ [塩基配列][構造解析] mfoldを使って核酸の二次構造を予測する〜基本操作編〜

FIGURE_TITLE

mfoldは核酸が塩基対を形成する際の自由エネルギー変化を計算して、二次構造を予測するツールです。

mfoldでは、自由エネルギーが最小になる塩基対の形成の仕方を計算して二次構造を表示するだけでなく、エネルギー最小のものよりもエネルギーが高いものも計算して、その後の様々な解析に役立つデータが数多く出力されます。

この動画では、mfoldの基本的な使い方として、RNAの二次構造を計算して塩基対の形成の仕方を見る方法、二次構造を図で見る方法を解説します。

より詳細な使い方は応用編の動画を参照してください。

動画中で用いている大腸菌のtRNAの配列はこちらから取得可能です。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1.配列の入力〜パラメーターの設定 (55秒)
  2. 2.Energy dot plotを見る (4分31秒)
  3. 3.計算した二次構造を図で見る (6分8秒)
  4. 4.構造の画像ファイルをまとめてダウンロードする (6分53秒)
  5. 5.Energy dot plotで構造を比較する (7分34秒)
  6. 6.Circular structure plotを使って塩基対の形成の仕方を見る (8分5秒)

Get the Flash Player to see this movie.この動画を再生するにはAdobe Flash Player (無料)が必要です

また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: 二次構造予測,核酸,RNA

YouTube版はこちらです。


トップ «前の日記(2011-10-20) 最新 次の日記(2011-10-25)» 編集
Creative Commons License「統合TV」は、クリエイティブコモンズ・ライセンス(CC)表示 2.1 日本 のもとでライセンスされています。Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 2.1 Japan License
統合TVのQRコード
文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」MEXT Integrated Database Project
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 統合TVチームDatabase Center for Life Science (DBCLS), Research Organization of Information and Systems (ROIS)
サイトポリシーSite Policies