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2011-09-14

_ [塩基配列][構造解析] CentroidFoldを使ってRNAの2次構造を予測する

CentroidFoldを使ってRNAの2次構造予測する

CentroidFoldは一般化セントロイド推定量と呼ばれる新しい推定量を用いて、高い精度でRNAの二次構造を予測できるソフトウェアです。

近年高等生物の細胞中には、タンパク質に翻訳されずに機能するnon-codingRNA(ncRNA:非コードRNA)が多数存在することが明らかになりました。

このようなncRNAの中には遺伝子の発現制御や細胞のガン化などで重要な役割を果たしているものがあることが分かってきました。このncRNAが機能を発現するには、長い1本鎖であるRNA分子が部分的に2本鎖を形成して二次構造と呼ばれる特異的な構造をつくるため、正確な二次構造を予測する重要性が以前に比べて増してきています。

今回は、CentroidFoldの基本的な使い方とオプションについて説明しています。

Get the Flash Player to see this movie.この動画を再生するにはAdobe Flash Player (無料)が必要です

また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: 塩基配列,構造解析

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. FASTA形式で構造予測する。(43秒)
  2. 2. CLUSTALW形式で構造予測する。(3分31秒)

YouTube版はこちらです。 


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