UCSC Table Browserを使い倒す 2011

Table Browserは、米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校 (UCSC) が開発、維持しているUCSC Genome Browserの中のコンテンツの一つで、UCSC Genome Browserで閲覧可能なゲノムアノテーションから独自の基準でフィルターをかけ、欲しいデータだけに絞り込んで閲覧することができるサービスです。 今回は、UCSC Genome Browserで提供している転写因子結合サイト (TFBS: Transcription Factor Binding Site) の情報からエストロゲン受容体α (ER-alpha) の結合サイトのみ選んだ上で、sno/miRNAの遺伝子コード領域と重なるものだけを抽出してきてそのゲノム上の領域をUCSC Genome Browserで閲覧するまでのウェブブラウザー上での解析フローと、RefSeqのデータをGTFファイルで取得する方法について説明しています。

見どころダイジェスト

  • 1.転写因子結合サイトの情報を選択 (43秒)
  • 02:31 2.sno/miRNAの遺伝子コード領域と重なるものだけを抽出
  • 03:07 3.取得結果をUCSC Genome Browserで閲覧
  • 04:08 4.RefSeqのデータを選択
  • 05:05 5.取得結果をGTFファイルで保存

動画ファイルのダウンロード

110620table_browser.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

スキル別コースから探す

    新着動画

      視聴ランキング

        新着イラスト