2011-06-20 UCSC Table Browserを使い倒す 2011

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Table Browserは、米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校 (UCSC) が開発、維持しているUCSC Genome Browserの中のコンテンツの一つで、UCSC Genome Browserで閲覧可能なゲノムアノテーションから独自の基準でフィルターをかけ、欲しいデータだけに絞り込んで閲覧することができるサービスです。 今回は、UCSC Genome Browserで提供している転写因子結合サイト (TFBS: Transcription Factor Binding Site) の情報からエストロゲン受容体α (ER-alpha) の結合サイトのみ選んだ上で、sno/miRNAの遺伝子コード領域と重なるものだけを抽出してきてそのゲノム上の領域をUCSC Genome Browserで閲覧するまでのウェブブラウザー上での解析フローと、RefSeqのデータをGTFファイルで取得する方法について説明しています。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2011.071

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