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TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2011-06-14

_ [presentation][ゲノム][発現情報][NGS] 次世代シーケンサによるゲノム解析のノウハウII

次世代シーケンサによるゲノム解析のノウハウII

本日の統合TVは、2011年度前期(4〜7月)に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏新領域創成科学特別講義IIから、理化学研究所 免疫・アレルギー科学総合研究センター 細胞システムモデル化研究チーム 近藤伸二 先生による「次世代シーケンサによるゲノム解析のノウハウII」をお送りします。

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Keywords: Illumina,solexa,alternative splicing,ChIP-seq,Epigenetics,meta-genome

スライドをクリックすると、その場面から講義をご覧になれます。

Alternative splicing: rare splicing events can be detected just by a single lane sequencing of SOLEXA Alternative splicing: Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes Frequency and relative abundance of alternative splicing isoforms in human genes Pervasive tissue-specific regulation of alternative mRNA isoforms The extent of individual-specific differences in alternative isoform expression Conservation and function of switch-like alternative splicing exons Ab-initio reconstruction of full-length cDNA through mapping paired-reads to genome Mapping paired-reads to genome Reconstruction steps: 2 or more splicing patterns can be identified A certain depth required for accurate reconstruction Novel, tissue-specific alternative splicing patterns revealed by the reconstruction ChIP-seq Epigenetics Histone modification Names of distinct regions on the genome ChIP-seq: Histone modifications ChIP-seq: Histone modifications Patterns around TSS vs expression level Euchromatic and heterochromatic modifications enriched respectively in active and inactive genes Active vs inactive genes: enhancer regions Nucleosome organization, Histone density Nucleosome positions identified by mapping of solexa reads Strong phasing of nucleosome positions around TSS of active genes Relations with expression level, elongating and stalled PolII Nucleosome positions associated with elongating and stalled PolII When T-cells are activated, CNSs in enhancers and intron become located in linker regions to facilitate access of TFs Loss of nucleosomes at immediately upstream of TSS in activated genes De-novo assembly of short reads assembling strategy Short reads assembly: achievements and limitations Assembly software used de-Bruijn graph algorithm A bacterial genome Panda-genome assembly Findings from the panda-genome assembly A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing 微生物種分布評価(phylogenetic binning) 遺伝子機能分布評価(functional binning) Coverage of human gut microbiome Predicted ORFs in the human gut microbiome Bacterial species abundance differentiates IBD patients and healthy individuals Taxonomic composition The error rates observed at the respective base positions of 36-mers generated by Illumina 1G analyzer Datasets of distinct sequence complexities Accuracy of contigs, contig size and genome coverage VS sequence depth Fig. 1e.f Genome coverage VS depth for individual species with various levels of duplications Genome coverage vs depth for low/high complexities Conclusion


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