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TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2011-06-13

_ [presentation][ゲノム][発現情報][NGS] 次世代シーケンサによるゲノム解析のノウハウI

次世代シーケンサによるゲノム解析のノウハウI

本日の統合TVは、2011年度夏学期(4〜7月)に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏新領域創成科学特別講義IIから、理化学研究所 免疫・アレルギー科学総合研究センター 細胞システムモデル化研究チーム 近藤伸二 先生による「次世代シーケンサによるゲノム解析のノウハウI」をお送りします。

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Keywords: Illumina,Solexa,transcriptome

スライドをクリックすると、その場面から講義をご覧になれます。

Next generation sequencers: effective and fast algorithms to utilize the short reads Next generation sequencers: compact equipments yield huge amount of sequences Traditional vs next-generation sequencers: read length, throughput and error rate A decades perspective on DNA sequencing technology Traditional vs next-generation sequencers: utilization frequencies Genome sequencing platforms compared for bacterial de novo assemblies My profile related to Next-generation sequencers Contents Points Ultra-High Throughput: 1000 M DNA fragments on a small glass slide Solexa Technology Data Illumina/Solexa Images for A, C, G and T Sequencing by next generation sequencers: common features between 454, solexa and SOLiD Sequencing platform comparison 454 sequencing reaction steps 454 sequencing SOLiD 454 sequences: length variable Reads by solexa: length fixed Long/low throughput vs short/ultra-high throughput 454 sequencers: benefits and limitations Solexa sequencer 3 read types: single, paired end, and mate-paired: Sequence reaction Mapping of reads: find the regions of their origins on the genome: unique, multi, partial, or unmap Mapping of reads: find the regions of their origins on the genome: unique, multi, partial, or unmap Mapping of reads: find the regions of their origins on the genome: unique, multi, partial, or unmap Advantages of longer, paired end and/or mate-paired reads: increase of uniquely and accurately mapped reads Reads by solexa Error rates at 75 bases Bioinformatics analyses using sequences of Next generation sequencers: Transcriptome Affymetrix Tiling Arrays Microarray experiment protocol Microarray experiment illustration Signals on the genome coordinates Probes in non-exonic regions Signal intensities non-zero in exonic and non-exonic regions Influence of the best match Number of sequence fragments partially matching to a probe among cDNAs Influence of bandwidth size on the separation between signal and background intensity distributions Improvement in the separation between signal and background by increasing replicate measurements Limitations Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq High reproducibility, dynamic range, only 3% in intergenic regions Microarray: Data reproducibility Comparison with results from tiling array data: higher correlation including multiply mapped reads


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