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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2011-06-08

_ [PC環境設定][macosx][配列解析][アミノ酸][塩基配列] Local BLAST の使い方〜検索実行・オプション編(MacOSX版)〜 2011

Local BLAST の使い方〜検索実行・オプション編(MacOSX版)〜 2011

今回の統合TVは、自分のコンピュータ(MacOSX)でBLAST検索を実行する方法を紹介します。現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう!

今回はその第二弾、”検索実行・オプション編”としてBLASTプログラムの検索実行やオプションを使っての実行方法について紹介します。

検索実行では前回作成した酵母のアミノ酸配列データベースに対して、サンプル配列と類似の配列を検索しています。オプションの実行では、さまざまなオプションを使って検索結果をしぼったり、表示形式を変更したりする方法について紹介します。

【動画の下部に検索実行コマンドとオプションのコマンド例(legacy blastとblast +の比較) の表があります。】

また、Local BLASTは、standalone BLASTとも言われています。

「Local BLAST の使い方 2011(MacOSX版)」シリーズ(全2回)

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. アミノ酸配列で検索実行する(8秒)
  2. 2. 塩基配列で検索実行する。(3分19秒)
  3. 3. 塩基配列から翻訳したアミノ酸配列を検索実行する。(5分52秒)
  4. 4. 出力に含まれるアラインメント数を指定する。(7分40秒)
  5. 5. 検索結果リストとして出力する数を指定する。(8分33秒)
  6. 6. E-valueの閾値を指定する。(8分52秒)
  7. 7. 低複雑度領域のマスクをオンにする。(9分27秒)
  8. 8. 結果をタブ区切りテキストとして出力する。(10分20秒)
  9. 9. 結果をHTML形式で出力する。(11分25秒)
  10. 10. 使用するCPU数を調節する。(11分59秒)
  11. 11. 複数のデータベースをまとめて検索する。(12分27秒)
  12. 12. オプションを組み合わせて実行する。(14分23秒)

Get the Flash Player to see this movie.この動画を再生するにはAdobe Flash Player (無料)が必要です

また、JavaScriptをOnにする必要があります。
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YouTube版はこちらです。

検索実行のコマンドとオプションのコマンド例 (legacy blastとblast +の比較)

説明 legacy blast blast+
フォーマット formatdb -i データベース名 -p T -o T makeblastdb -in データベース名 -dbtype prot -hash_index
検索(核酸) blastall -p blastn -d データベース名 -i 入力ファイル -o 出力ファイル blastn -db データベース名 -query 入力ファイル -out 出力ファイル
検索(アミノ酸) blastall -p blastp -d データベース名 -i 入力ファイル -o 出力ファイル blastp -db データベース名 -query 入力ファイル -out 出力ファイル
検索(核酸から翻訳したアミノ酸) blastall -p tblastx -d データベース名 -i 入力ファイル -o 出力ファイル tblastx -db データベース名 -query 入力ファイル -out 出力ファイル
複数のデータベースをまとめて検索 -blastall -p blastn -d "database1 database2" blastn -db "database1 database2"
出力アラインメント数 -b 数字 -num_alignments 数字
E-valueの閾値を指定 -e 数字 -evalue 数字
低複雑度領域(フィルタ)のマスク -F F(オフにする) -seg yes(デフォルトが逆ーオンにする)
検索結果リスト出力数 -v 数字 -num_descriptions 数字
タブ区切りテキストで出力 -m 8 -outfmt 6
HTML形式で出力 -T T  test.html -html
使用するCPU数を調節 -a 2 -num_threads 2


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