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2011-02-26

_ [DBCLS][ゲノム][配列解析][塩基配列][NGS] DDBJ Read Annotation Pipelineによるde novo Assembly解析

DDBJ Read Annotation Pipelineによるde novo Assembly解析

DDBJ Read Annotation Pipeline国立遺伝学研究所DDBJが開発・提供している新型シーケンサの出力データを自動で解析してくれるツールです。

このツールの特徴として、

  1. ボタン操作とテキスト入力のみで解析可能
  2. 論文用の基本統計量や図を自動生成
  3. 国立遺伝学研究所のスーパーコンピュータを利用して高速化

などが挙げられます。

現在、Reference Genome Mappingとde novo Assembly解析を行なうことができます。今日からはじめるDDBJ Read Annotation PipelineではReference Genome Mappingについて紹介しましたが、今回の番組ではde novo Assembly解析の方法を紹介しています。

この番組は2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター エンジニア 望月 孝子 氏によって紹介された「次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜クラウド型解析パイプライン・実習assembly/mapping〜」に基づき基本事項、注意点等をまとめたものです。DRAの概要や詳細についてはそちらを御覧ください。

Get the Flash Player to see this movie.この動画を再生するにはAdobe Flash Player (無料)が必要です

また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: DDBJ Read Annotation Pipeline, genome, sequencer, next generation,

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. Pipelineにログインする 。(30秒)
  2. 2. 解析する配列を選択する。(40秒)
  3. 3. 解析する方法とツールを選択する。(1分50秒)
  4. 4. 解析する配列のセットを指定する。(3分08秒)
  5. 5. リファレンスとするゲノムセットを指定する。(4分33秒)
  6. 6. 解析の進行状況を確認する。(6分27秒)

YouTube版はこちらです。


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