2011-02-25 Local BLAST の使い方〜検索実行・オプション編〜 2011

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今回の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。 現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。 しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。 そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう!今回はその第二弾、”検索実行・オプション編”としてBLASTプログラムの検索実行やオプションをを使っての実行方法について紹介します。 検索実行では前回作成した酵母のアミノ酸配列データベースに対して、サンプル配列と類似の配列を検索しています。オプションの実行では、さまざまなオプションを使って検索結果をしぼったり、表示形式を変更したりする方法について紹介します。 また、Local BLASTは、standalone BLASTとも言われています。

検索実行のコマンドとオプションのコマンド例 (legacy blastとblast +の比較)
説明 legacy blast blast+
フォーマット formatdb -i データベース名 -p T -o T makeblastdb -in データベース名 -dbtype prot -hash_index
検索(核酸) blastall -p blastn -d データベース名 -i 入力ファイル -o 出力ファイル blastn -db データベース名 -query 入力ファイル -out 出力ファイル
検索(アミノ酸) blastall -p blastp -d データベース名 -i 入力ファイル -o 出力ファイル blastp -db データベース名 -query 入力ファイル -out 出力ファイル
検索(核酸から翻訳したアミノ酸) blastall -p tblastx -d データベース名 -i 入力ファイル -o 出力ファイル tblastx -db データベース名 -query 入力ファイル -out 出力ファイル
複数のデータベースをまとめて検索 -blastall -p blastn -d "database1 database2" blastn -db "database1 database2"
出力アラインメント数 -b 数字 -num_alignments 数字
E-valueの閾値を指定 -e 数字 -evalue 数字
低複雑度領域(フィルタ)のマスク -F F(オフにする) -seg yes(デフォルトが逆ーオンにする)
検索結果リスト出力数 -v 数字 -num_descriptions 数字
タブ区切りテキストで出力 -m 8 -outfmt 6
HTML形式で出力 -T T  test.html -html
使用するCPU数を調節 -a 2 -num_threads 2

見どころダイジェスト

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2011.034

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