CLUSTALW(「クラスタルダブル」と読みます)は複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる(多重(マルチプル)アラインメント)ツールです。アラインメントは、タンパク質ファミリーの保存残基を探したり、二次構造や三次構造の予測を助けたり、PCRプライマーの設計に一役買ったり、分子進化解析の基礎データともなります。 ここでは、例としてヒト、マウス、ブタの各生物種における脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)ファミリーの塩基配列をサンプル配列として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。