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TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2011-02-02

_ [presentation][NGS] 次世代シークエンサーを活用した細菌叢のゲノム科学

次世代シークエンサーを活用した細菌叢のゲノム科学

本日の統合TVは、2010年度夏学期(5~7月)に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏新領域創成科学特別講義Iから、東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 オーミクス情報センター 服部正平先生による「次世代シークエンサーを活用した細菌叢のゲノム科学」をお送りします。

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Keywords: GCOE,Genome Bigbang

YouTube版はこちらです。

スライドをクリックすると、その場面から講義をご覧になれます。

次世代シークエンサーを活用した細菌叢のゲノム科学 細菌のゲノム ホールゲノムショットガン法による細菌ゲノムのシークエンス 両端対シークエンス (paired-end sequencing) によるアセンブリの信頼性の検証 細菌ゲノムの全ゲノムシークエンス工程 コンピュータ解析による遺伝子発見 遺伝子の機能注釈 遺伝子の機能分類と機能カテゴリー List of functional categories 微生物の持つ代謝経路や機能を調べる Circular representation of chromosomal structure of bacteria 比較ゲノム Genomic islands The 160-Kilobase Genome of the Bacterial Endosymbiont Carsonella 細菌のゲノムサイズとGC含量の関係 微生物ゲノムの進化様式 微生物ゲノム解析の動向 難培養性微生物のゲノム解析 細菌叢の解析方法 生物の分類 16S ribosomal RNA gene 培養不要のメタゲノム解析 自然環境中に生息する細菌叢のメタゲノム解析 メタゲノム解析による細菌叢のプロファイリング 比較メタゲノム解析:細菌叢に特徴的な遺伝子の同定 生物種別ゲノム解析数(完成+進行中)の累計推移 メタゲノム解析の対象細菌叢の内訳 Global Ocean Sampling (GOS) Expedition Environmental Genome Shotgun Sequencing of the Sargasso Sea Timeline of sequence based metagenome projects since 2003 ヒト常在細菌叢 (Human microbiota) 腸内細菌の研究方法 ヒト成人腸内細菌叢の菌種組成(門レベル) Metagenomic analysis of the human gut microbiota 健康な13名の日本人の腸内細菌叢のメタゲノム解析 アセンブリと遺伝子発見 各機能カテゴリーに属する遺伝子の出現頻度 既知遺伝子との配列類似度の分布(トップヒットした細菌種別の類似度分布) 腸内細菌叢で有意に増えているCOGの探索 ヒト腸内細菌叢で頻度高く存在している(enriched)遺伝子群 メタゲノム解析からわかった腸内細菌叢の機能特徴 ヒト腸内細菌叢の機能特性2 ひとりひとり異なる腸内細菌叢 個人の腸内細菌叢間の比較(16S配列解析) ヒト腸内細菌叢に特異的な新規遺伝子群 Assessment of lysis methods for isolation of DNA from fecal samples Assessment of lysis methods by Unifrac analysis of 16S data


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