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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2011-01-26

_ [presentation][NGS] 次世代シーケンシングによるエピゲノム解析

次世代シーケンシングによるエピゲノム解析

本日の統合TVは、2010年度夏学期(5~7月)に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏新領域創成科学特別講義Iから、東京大学大学院 理学系研究科 生物化学専攻 伊藤隆司先生による「次世代シーケンシングによるエピゲノム解析」をお送りします。

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Keywords: GCOE,Genome Bigbang

YouTube版はこちらです。

スライドをクリックすると、その場面から講義をご覧になれます

次世代シーケンシングによるエピゲノム解析 エピゲノム エピジェネティクス Epigenetics エピジェネティクス エピゲノミクス Time for the epienome INTERNATIONAL HUMAN EPIGENOME CONSORTIUM ChIP-Seq Digital genomic footprinting ヌクレオソーム位置 次世代シークエンサによるマッピング FAIRE (Formaldehyde-Assisted Isolation of Regulatory Elements) 核内配置Hi-C 全ゲノムバイサルファイトシーケンシング Bisulfite Shotgun Sequencing 興味の発端:ゲノムインプリンティング HM-PCR:アレル別メチル化状況の識別法 母性アレル特異的メチル化 配列依存性アレル特異的メチル化 配列依存性アレル特異的メチル化 配列依存性アレル特異的メチル化(ASM)の拡がり ランダム単アレル性メチル化?? 細胞特異的メチル化? A Comprehensive Analysis of Allelic Methylation Status of CpG Islands on Human Chromosome 21q 興味 DNAメチル化の網羅的解析 MeDIP-Chip/Seqの問題点 DNAメチル化の網羅的解析 バイサルファイト変換 バイサルファイト・シーケンス法 BSSに必要なもの Bisulfite Shotgun Sequencing (BSS) Neurospora crassa(アカパンカビ) 454 Genome Sequencer 我々の最初のBSS法 マッピングとメチル化コール UT Genome Browser for Neurospora BSSデータのバリデーション RIP: Repeat Induced Point Mutation 1. メチル化は主としてRIP領域に起こる 2. RIPインデックスとメチル化率は相関しない 3. YpCpRが優先的にメチル化される BSSは有効! Yet another BSS protocols BSSの例 Bisulfite Shotgun Sequencing BSSの問題点 最近のバイサルファイト処理キットは収率も良好 バイサルファイト処理によるDNAの切断 バイサルファイト処理とアダプタ付加 Post-bisulfite adapter tagging (PBAT) 新旧プロトコルの比較 従来法の1/10量のDNAからグローバル増幅なしでBSSを達成 ugからngオーダーのDNAからの鋳型調製:収率 ugからngオーダーのDNAからの鋳型調製:品質 僅か1ngのDNAからでもグローバルな増幅なしでBSSが可能 フローソートされたヒト21番染色体のBSS解析 UTGB A Comprehensive Analysis of Allelic Methylation Status of CpG Island on Human Chromosome 21q UTGB BSSによるメチル化アレルと非メチル化アレルの共存の証明 A Comprehensive Analysis of Allelic Methylation Status of CpG Island on Human Chromosome 21q CGI#142のランダム単アレル性メチル化? UTGB Post-busulfite adapter tagging (PBAT) by random primer extension BSS of A. thaliana seedling by Solexa and 454 Take home messages High Performance-Bisulfite Shotgun Sequencing (HP-BSS) 理想のメチローム解析? XXオーム THE SEQUENCE FACTORY THINK SMART THINK BIG & SMART


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