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TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2011-01-25

_ [presentation][NGS] 次世代シーケンシングによるトランスクリプトーム解析

次世代シーケンシングによるトランスクリプトーム解析

本日の統合TVは、2010年度夏学期(5~7月)に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏新領域創成科学特別講義Iから、東京大学大学院 理学系研究科 生物化学専攻 伊藤隆司先生による「次世代シーケンシングによるトランスクリプトーム解析」をお送りします。

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Keywords: GCOE,Genome Bigbang

YouTube版はこちらです。

スライドをクリックすると、その場面から講義をご覧になれます。

次世代シーケンシングによるトランスクリプトーム・エピゲノム解析 トランスクリプトーム トランスクリプトーム解析 完全長cDNAクローニング法 V-キャッピング法の基礎となる発見 V-キャッピング法 完全長の判定 ベクターキャップ法による出芽酵母の完全長cDNA解析 出芽酵母の完全長cDNA解析 クローンの例 cDNAデータの分類 完全長cDNAデータの帰属 UTGB UTGB UTGB 転写開始点(TSS) TSSの多様性 TSSとORFの位置関係 963ORFの内部に1430TSS LAP3の上流ATGコドン ミトコンドリア移行シグナル GFP融合データ 細胞内局在の異なるアイソフォームを作るには イントロン 検出されたイントロン 複雑なスプライシングの例 転写終結制御とカップルしたスプライシング? オルタナティブ・プロモータと連動したスプライシング 遺伝子間のスプライシング 新規転写単位 予想外に複雑だった出芽酵母のトランスクリプトーム UTGB 減数分裂で働くncRNA候補 IME1上流のncRNA 減数分裂で働くncRNA候補 IME1上流のncRNAはIME1の発現と相関 出芽酵母非コードRNAの作用機序 出芽酵母にもあったRNAi トランスクリプトーム解析 一般化アダプタ負荷競合PCR (GATC-PCR) ゲノムDNAを標準物質とするGATC-PCR ゲノムDNAシグナルによるcDNAシグナルの補正 GATC-PCRシステム GATC-PCRシステム GATC-PCRによる計測 GATC-PCRによる計測 GATC-PCRによる計測 発端は1977年のCell論文 トランスクリプトーム解析 タグの概念 Body Mapping SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) SAGE SAGE タグ・カウンティングの特徴 TSS-Seq 複雑なトランスクリプトームの測り方 複雑なトランスクリプトームの測り方 GIS-PET GIS-PET (Gene Identification Signature-Paired End Tag) GIS-PETの問題点 Scheme for template preparation 工夫してあるところ CF-GIS-PETの構造 UTGB ゲノムワイドな転写に関する疑問 Dark Matter Transcripts: Sound and Fury, Signifying Nothing? 転写ノイズは無駄か? 複雑なトランスクリプトームの測り方 理想のトランスクリプトーム解析 トランスクリプトーム解析


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