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TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2011-01-19

_ [PC環境設定][配列解析][アミノ酸][塩基配列] Local BLAST の使い方〜導入・準備編〜 2011

Local BLAST の使い方〜導入・準備編〜

今回の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。

しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。

そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう!今回はその第一弾、”導入・準備編”としてBLASTプログラムのインストール方法やBLAST検索用のデータベース作成方法について紹介します。なお、配列データのgz形式の解凍に必要なソフト Lhaplus は ここから ダウンロードできます。また、Local BLASTは、standalone BLASTとも言われています。

【注意】Local BLAST のダウンロードページが動画作成時と現在異なっています。ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ よりダウンロードしてください。以下にお使いのPCとダウンロードするファイルについての対応を示します。尚ncbi-blast-2.2.25+の2.2.25の部分は最新のバージョンによって異なります。

  • OS プラットフォーム | ダウンロードファイル
  • Windows(32-bit x86 MSI installer) | ncbi-blast-2.2.25+-win32.exe
  • Windows(64-bit x86 MSI installer) | ncbi-blast-2.2.25+-win64.exe

「Local BLAST の使い方 2011」シリーズ(全2回)

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. Local BLASTをダウンロードする(32秒)
  2. 2. 配列検索をするためにコマンドプロンプトを起動する。(2分28秒)
  3. 3. BLAST検索のデータベースを作成するための配列データをダウンロードする。(4分45秒)
  4. 4. BLAST検索用のデータベースをコマンドプロンプトで作成する。(7分13秒)

Get the Flash Player to see this movie.この動画を再生するにはAdobe Flash Player (無料)が必要です

また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: 配列解析,アミノ酸,塩基配列,Firefox,windows

YouTube版はこちらです。


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