_ [DBCLS][ゲノム][遺伝子][NGS] 公共アーカイブ DRAへのデータの登録方法 part2 ランデータの転送方法

DRA(DDBJ Sequence Read Archive)は次世代シークエンサからの出力データのためのデータアーカイブです。

公共アーカイブ DRAへのデータの登録方法 ではメタデータの登録方法について紹介しました。

今回の動画はSCPによるランデータの転送方法について紹介します。Windows,Macの両方の方法について紹介していますので下記のダイジェストをご利用ください。

この番組は2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京よりDDBJ 児玉 悠一アノテータによって紹介された 次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜次世代シーケンサアーカイブDB〜に基づき基本事項、注意点等をまとめたものです。DRAの概要や詳細についてはそちらを御覧ください。

また当日の資料もあわせてご参考ください。

画像をクリックすると動画が再生されます。

YouTube版はこちらです。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

1. 1. Windowsで秘密鍵、公開鍵を作る。(50秒)
2. 2. Windowsでランデータを転送する。(2分47秒)
3. 3. Macで秘密鍵、公開鍵を作る。(5分55秒)
4. 4. Macでランデータを転送する。(6分44秒)
5. 5. D-wayで整合性をチェックする。(8分29秒)
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また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: DRA,database,データベース,D-way,シークエンス,次世代シークエンサ,XML,秘密鍵、公開鍵,WinSCP,Cyberduck
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この動画は、クリエイティブ・コモンズ・ライセンス（CC）表示 2.1 日本 のもとでライセンスされていますThis video distributed by Creative Commons Attribution license 2.1 Japan.
原著作者はライフサイエンス統合データベースセンターですCopyright holder is Database Center for Life Science.　


ランデータを登録するにはSCPという方法でサーバーに転送します。そのために公開鍵、秘密鍵が必要です。

まずどのデータが必要か確認するためにD-wayにログインします。

メタデータをアップロードした0006番をクリックします。

[Validate run data]をクリックします。

メタデータでは4つのランデータファイルを登録したためこれらをアップロードします。

DRAにデータを登録するためにまず公開鍵、秘密鍵をつくります。Windowsではいくつかの方法がありますがここではputtyを使って作成します。

「putty 日本語」と検索し、puttyをダウンロードします。

解凍されたフォルダを開きます。

puttygen.exeをクリックします。

「Generate」をクリックして上の画面でマウスを動かすことで乱数を生成します。

「Key passphrase」,「Confirm passphrase」に同じパスフレーズを入れます。（空欄でも可）

「Save public key」をクリックして公開鍵を保存します。

次に「Save private key」をクリックして秘密鍵を保存します。

秘密鍵を保存しました。

次にデータを転送するための準備をします。

WindowsではWinSCPと呼ばれるツールが一般的です。

WinSCPは画面の手順で最新版をダウンロードすることが出来ます。

WinSCPを起動します。

アップロードをスムーズに行うために「設定」→「環境設定」をクリックします。

バックグラウンドをクリックします。下のチェックボックスに全てチェックをつけます。

「Maximal number ~」の値を9にし、「OK」をクリックします。

設定が終了しました。次に実際にアップロードします。

「ホスト名」は「dradata.ddbj.nig.ac.jp」を,「ユーザ名」にはD-wayのログインIDを入力します。

次に作成した秘密鍵を指定します。選択し、開くをクリックしてください。

何回も接続する場合は「保存」をしましょう。

これによりログイン時に毎回「ホスト名」等を打ち込む手間を省くことができます。

秘密鍵を作成した際にパスフレーズを設定した場合はパスフレーズを入力します。

ログインできました。

左は自分のパソコンのフォルダ、右はホスト先(DRA)のフォルダが表示されます。

画面上部の「ディレクトリを開く」からランデータが置かれたフォルダを開きます。

「参照」から探すと簡単です。

サブミッション0006のデータをアップロードするのでそこに移動（クリック）します。

移したいデータを選択しドラッグ＆ドロップで右に

移動します。これにより選択したファイルはＤＲＡのサーバに転送されます。

コピーが終わりました。

次にMacの場合の方法です。

秘密鍵、公開鍵を作るためにターミナル

（アプリケーション→ユーティリティの中にあります）を起動します。

「ssh-keygen -t rsa」と打ち、Enterキーを押します。

「Enter file〜」は秘密鍵のファイル名を設定します。何も打たずにEnterキーを押すとid_rsaという名前の秘密鍵になります。

次にパスフレーズ(パスワード)を打ちます。入力は必須ではありませんが今回は設定しました。入力した場合次も同じパスフレーズを確認のため打ちます。

.ssh（隠しフォルダのためFinderからは通常見ることができません。)の中にid_rsaという秘密鍵とid_rsa.pubという公開鍵が作成されました。

次にデータをコピーするためにCyberduckを起動します。初めに上のメニューから環境設定をクリックします。

「SFTP」をクリックし、使用する転送方法をSCPに変更します。

ここまでが準備です。新規接続をクリックします。転送方法はSFTPを選択します。

「サーバ」に画面と同じアドレスを、ユーザー名にD-wayのIDを打ち込みます。

「公開鍵認証を使用する」にチェックを入れます。秘密鍵を選択して「選択」ボタンをクリックします。

「接続」をクリックします。

パスフレーズを設定した場合、入力して下さい。

接続できました。次に転送したいファイルを表示します。

サブミッション0006のデータをアップロードするので0006をクリックします。

必要なファイルを全て選択し、ドラック&ドロップします。

アップロードが完了しました。D-way画面で画面を更新します。ファイルが存在する場合は「Status」が青字になります。

必要なファイルを全てアップロードした場合「Validate」がクリックできるようになります。

md5sumの値が登録したメタデータと同じならば「Result」のカラムが画面のようになります。

これでランデータのアップロードが完了しました。