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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2010-12-07

_ [presentation][DBCLS][NGS] 新型DNAシーケンサーからのデータ解析で統合データベースを使い倒すには

新型DNAシーケンサーからのデータ解析で統合データベースを使い倒すには

本日の統合TVは2010年12月7日に開催されたBMB2010のワークショップ「新型シーケンサーから得られるデータをどう解釈するか:統合データベースプロジェクトからの提案」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 坊農秀雅 特任准教授による「新型DNAシーケンサーからのデータ解析で統合データベースを使い倒すには」をお送りします。

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Keywords: LSQA,RefEx

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新型シーケンサーからのデータ解析で統合データベースを使い倒すには 本日のおはなし いきなりまとめ データベースセンターの役割 文部科学省統合データベースプロジェクト DBCLS: Database Center for Life Science DBCLSの三本柱 新型DNAシーケンサー向け利用可能な配列解析ツール ライフサイエンスQA 例:Transcriptome sequence Data for RefEx Human data set Preliminary version of transcriptome viewer page Preliminary version of Buncher output browser Example: Actn3, actinin alpha3 Example: Actn3 (zoomed) RefEx togofarm(統合牧場) 新型DNAシーケンサーからのデータ解析で統合データベースを実際に使い倒してみた 注意 資料のアップロード先 自己紹介 統合牧場リサーチアシスタント 時間がないので省略します 詳しくはこちら 新型DNAシーケンサーからのデータ解析で統合データベースを実際に使い倒してみた 公共RNA-Seqデータ解析パイプライン 公共NGSデータを有効利用するために我々が作った使い倒しツール NCBI SRA index SRAs: Survey of Read Archivies gmap: RNA-Seqマッピング分散ツール 解析結果可視化ツールの開発 HTMLインターフェースdancehall 簡単だけど・・・ もっといいものが欲しいですよね? 解析結果をもっと見やすく!! Ruby on Railsでウェブアプリケーション 複数の実験区のそれぞれのデータを一つのデータベースに集約する 実験区ごとの発現量情報の一覧 遺伝子IDごとの詳細画面 外部データベースの利用 可視化ツールのまとめ 統合DB使い倒しの舞台裏 情報が少ない! もっと情報を共有したい! 情報共有に役立つDBCLSでのプロジェクト 詳しくはWebで 未発表なデータセットの解析


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