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TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2010-11-25

_ [EMBOSS][アミノ酸][タンパク質][遺伝子][配列解析] EMBOSS preg を使い倒す

EMBOSS preg を使い倒す

今回は DBCLS が提供する EMBOSS Explorer の"preg" を紹介します。"preg" はアミノ酸の配列から正規表現を用いた検索ができます。正規表現を用いることで、ワイルドカードなどを用いた自由度の高い検索ができます。EMBOSS preg で用いられる正規表現については preg のマニュアルをご参照下さい。

今回の動画では例として Zinc Finger モチーフの一つである ZF_A20 の配列パターンを検索しています。そして正規表現にマッチした配列を最終的に BioMart を用いて取得します。BioMart に関しては過去の統合TVの Biomart を使い倒す――マイクロアレイprobeIDの対応表を作るなどをご参照下さい。

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【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. preg を使う(0分33秒)
  2. 2. 少し複雑な正規表現での検索(1分32秒)
  3. 3. タンパク質のリストの取得(2分26秒)
  4. 4. BioMartでの検索結果の抽出(3分18秒)
  5. 5. 結果の確認(4分30秒)

YouTube版はこちらです。


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