SAKURAは，DDBJが運用している ウェブ経由の
塩基配列データ登録システムです。
この動画では塩基配列の登録について紹介していきます。
検索エンジンで「ddbj sakura」と検索すると
SAKURAのページがヒットします。
左側のカラムには利用上の注意やデータ登録の流れ、
登録の見本等が掲載してあります。参考にしてください。
また登録してゆく際、ブラウザ上部にある「戻る」、
「次に進む」、「更新」ボタンを使わないでください。
また今回はサンプルデータを用います。
実際の生物データではありませんので注意してください。
登録をするには「Start」をクリックします。
その次のページを読み、[OK]をクリックしてください。
次に自分のメールアドレスを入れます。
これ以降項目の記入スペースの近くにM,Rと書いてある場合、 その項目はそれぞれ「記入必須」,「記入推奨」を意味します。
登録者の名前を入力します。
またその中の1人をコンタクトパーソンとして
チェックを入れます。
次にコンタクトパーソンの情報を英語で入力します。
次にデータ公開について設定します。 公開日を設定した場合、データは公開依頼を受けた時
または予定日が来るまで非公開となります。
「連続したアクセッション番号の発行」を希望した場合，以下の条件を満たす複数のエントリに対して，連続したアクセッション番号を発行します。
１：全件，即日公開，あるいは同一のデータ公開予定日を持つ。
２：全件，登録者・コンタクトパーソンが同一。
３：全件，掲載予定の論文が同一であると想定される。
今回は1件のみ登録します。
連続した番号を発行する場合はpdfの資料をご覧下さい。
「登録データ種類」を「通常データ」にし、
「OK」をクリックします。
REFERENCE 情報，塩基配列情報，生物情報を入力して下さい。
それぞれの情報の入力が完了すると，「CDS Feature」，「その他 Feature」を入力する為のボタンが表示されます。
Mが付いている場合、記入しなければならない項目がまだ残っている事を示しています。
referenceでは論文の情報を記入します。
論文の公開状況や雑誌名の情報等を入力してください。
Mがついているので「年」（雑誌の発行予定年）と
「タイトル」は必須項目です。
著者名も必ず英語で入力してください。
全て入力し終えたら[Add]をクリックします。
次に塩基配列の情報を入力します。
塩基配列データを貼りつけて下さい。
今回はテストデータとして以下の配列を用います。
また長い配列の場合は下の[Upload]から
塩基配列ファイルをアップロードすることができます。
その際大文字、小文字、改行、空白等は無視されます。
上の空欄にこの塩基配列の数を入力します。
20 bp から500,000 bp の範囲で入力可能です。
配列末端のn は除去して下さい。
完了したら[OK]をクリックします。
生物情報を入力します。
分子種→[mRNA]
生物名→[Agrobacterium tumefaciens]
分子種、生物名以外の情報（学名や、個体の情報等）は
入力しなくても登録できるため、ここでは割愛します。
最後にCDSフィーチャーまたはその他フィーチャーの情報を入力します。
ここでは、CDSの情報を入力します。
タンパク質をコードしている領域の数を、
Segmentの項目に入力します。
タンパク質をコードする領域を入力します。
入力した配列が2から61塩基までがコード領域の場合、
画面のように入力します。
翻訳する際の細かい条件がある場合は
該当する部分に記入をします。
特にRがついているproductとgeneについては
なるべく記入してください。
必要な項目の入力が終了したら[Add]をクリックします。
自動翻訳チェックが始まります。
アミノ酸配列が自動で翻訳されます。
合っているか確認してください。
全て入力し、[add]をクリックします。
データを入力する、修正する箇所がない場合は
[Submit]をクリックします。
この時点でまだデータは送信されていません。
登録データ確認の画面に移ります。
項目を確認したらまず[save]でテキスト保存をして下さい。
その後、最下段の[Submit OK]をクリックします。
データ査定の後、EntryIDに対応して
アクセッション番号が発行されます。
登録作業が完了すると、「確認メール」が送られその後アクセッション番号が割り当てられます。
アクセッション番号は原則として、データ受付後休日を除き5日以内に連絡されます。
返信がない場合はEntry IDを添えて問い合わせて下さい。
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