統合TV 統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。くわしくは はじめての方へ をご覧ください。ご質問、ご要望は、お問い合わせ もしくは ライフサイエンスQA からお願いします。TogoTV beta ('togo' means 'integration' in Japanese) is an archive of tutorial videos expounding how to use biological databases and tools. Although most of contents are currently depicted in Japanese, you can find English contents in TogoTV international. Please post any comments, suggestions, and requests at each content page, e-mail to the address described at the bottom of each page or contact form. This site is provided by Database Center for Life Science (DBCLS) and funded by MEXT Integrated Database Project in Japan.

新しい統合TVはこちらから!→ 統合TV

TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

番組カテゴリ:BIRD | DBCLS | EMBOSS | English | Firefox | IE6 | IE7 | IE8 | JST | NGS | PC環境設定 | commons | macosx | presentaiton | presentation | safari | winxp | アミノ酸 | ゲノム | ソフトウェア | タンパク質 | パスウェイ解析 | ポータル | 二次構造 | 化合物 | 可視化 | 塩基配列 | 多型情報 | 家系図 | 文献検索 | 構造解析 | 疾患情報 | 発現情報 | 設計ツール | 辞書 | 遺伝子 | 配列解析 Search categories: DBCLS | EMBOSS | English | Firefox | IE6 | IE7 | IE8 | commons | macosx | presentation | safari | winxp | amino acid | genome | protein | pathway analysis | portal | gene | nucleotide sequence | chemical compound | visualization | dictionary | disease information | design tool | polymorphism information | secondary structure | sequence analysis | expression profile | literature search


2010-08-30

_ [遺伝子][発現情報][可視化] GSEA softwareの使い方 〜発展編〜

GSEA softwareの使い方 〜発展編〜

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) は、予め用意した遺伝子セットが異なる条件下でどう振舞うかを調べる手法です。これを利用し発現プロファイルを解釈することができます。詳しいアルゴリズムは、Gene Set Enrichment Analysis PNAS paper (pdf)を参照してください。

GSEA softwareBroad Instituteによって実装されたGSEAを行うソフトウェアです。

前回は、GSEA softwareのGUI版の導入と簡単な解析方法・結果の閲覧方法を解説しました。今回は、NCBI GEOより取得した公共の遺伝子発現データ(GSE1657:Adipocyte Differentiation [Homo sapiens]のSeries Matrix Files)を表計算ソフトを使い加工し、GSEA softwareに読み込ませ、解析を行う手順を解説します。

表計算ソフトで加工後のファイル:gse1657.txt

【ムービー中のリンク】

  1. 発現データ・表現型データのフォーマットの詳細:http://www.broadinstitute.org/cancer/software/gsea/wiki/index.php/Data_formats
  2. Metric for Ranking Genesの詳細:http://www.broadinstitute.org/gsea/doc/GSEAUserGuideTEXT.htm#_Metrics_for_Ranking

Get the Flash Player to see this movie.この動画を再生するにはAdobe Flash Player (無料)が必要です

また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: KEYWORDS

YouTube版はこちらです。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. 発現データをGSEA softwareが読み込み可能な形式に加工する。(0分48秒)
  2. 2. GSEA softwareで解析を行う。(3分06秒)
  3. 3. データの表現型・条件をその場で指定する。(3分54秒)
  4. 4. 特定の遺伝子と発現に相関のある遺伝子セットを解析する。(6分30秒)
  5. 5. 解析の重要な設定項目の解説(8分07秒)


トップ «前の日記(2010-08-29) 最新 次の日記(2010-08-31)» 編集
Creative Commons License「統合TV」は、クリエイティブコモンズ・ライセンス(CC)表示 2.1 日本 のもとでライセンスされています。Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 2.1 Japan License
統合TVのQRコード
文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」MEXT Integrated Database Project
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 統合TVチームDatabase Center for Life Science (DBCLS), Research Organization of Information and Systems (ROIS)
サイトポリシーSite Policies