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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2010-08-13

_ [presentation][ゲノム][NGS] 次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜クラウド型解析パイプライン・実習assembly/mapping〜

次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜クラウド型解析パイプライン・実習assembly/mapping〜

本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター エンジニア 望月 孝子 氏による「次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜クラウド型解析パイプライン・実習assembly/mapping〜」をお送りします。

次世代シーケンサで読んだ枯草菌のリシーケンスデータを DDBJ Read Annotation Pipeline を使って解析する方法について解説していただきました。具体的には、Illuminaでpaired-endで読んだ配列を Velvet を使ってアセンブリし、BLATで公表済みのゲノムにマッピングする、という一連の操作について紹介しています。

当日の資料(PDF)はコチラ。約25分です。

YouTube版はこちらです。

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また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: DDBJ Read Annotation Pipeline,DRA,velvet,BLAT

スライドをクリックすると、その場面から講習をご覧になれます。

クラウド型解析パイプライン実習 assembly/mapping 解析パイプライン DDBJ Read Annotation Pipeline Pipelineの接続時に「接続の安全性を確認できません」の画面が出てきた場合 Query用FASTQ形式READファイルの選択 実行Toolの選択 Query setsの作成 De Novo Assembly Toolの実行オプション指定 CONTIGSをmapするReference Genomeを選択 CONTIGSをReference GenomeにmapするためにMapping Toolの実行オプションを指定 実行内容の確認 実行結果(Status)の確認 実行結果(Detail)の確認(assemblyの結果) 実行結果(Detail)の確認(mappingの結果)


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