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2010-07-23

_ [遺伝子][発現情報][可視化] GSEA softwareの使い方 〜基本編〜

GSEA softwareの使い方 〜基本編〜

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) は、予め用意した遺伝子セットが異なる条件下でどう振舞うかを調べる手法です。これを利用し発現プロファイルを解釈することができます。詳しいアルゴリズムは、Gene Set Enrichment Analysis PNAS paper (pdf)を参照してください。

GSEA softwareBroad Instituteによって実装されたGSEAを行うソフトウェアです。今回は、GSEA softwareのGUI版の導入と簡単な解析を行い、GSEA softwareで何ができるかを示します。

発展編はこちらです。

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YouTube版はこちらです。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. GSEA softwareを利用するための登録(0分40秒)
  2. 2. GSEAに必要なファイルの説明(1分50秒)
  3. 3. GSEA softwareで解析を行う(4分7秒)
  4. 4. GSEAの結果の閲覧(5分42秒)
  5. 5. 用意されている遺伝子セット群の説明(9分8秒)


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