ProTherm,ProNITは九州工業大学が独自に文献から収集して構築した

生化学分子の熱力学のデータベースです。

まずは「protherm」と検索し、

データベースにアクセスしてみましょう。

ProThermはタンパク質の野生型と変異体の熱力学的性質をまとめたデータベースです。

ここにチュートリアルがあり、検索例が載っていますのでこちらも参考にして下さい。

変異を入れることで熱に対して不安定になる

タンパク質を検索しましょう。

[Advanced Search]をクリックします。

検索条件、出力するデータ、

検索結果の表示方法、出力の順番を設定します。

検索条件を入力する場所です。

検索条件の詳細を知りたい場合、該当箇所をクリックすることで確認出来ます。

例として[Measure]をクリックします。

[Measure]は熱力学量を測った実験方法であると書かれています。

また[dTm]はタンパク質の折り畳み構造が

壊れる温度の変異体と野生型の差を

示すことがわかります。

例えば[Protein]に[Insulin]と打ち込み、

[Measure]のCDをチェックを入れて検索すると

検索結果はインシュリンという名のタンパク質でCDで測られたデータを表示します。

もし上のように条件をいれて検索した場合、pHが6以上8以下で測定したデータの一覧を表示します。

条件を何も入れなかった場合、

データベースの全てのデータを検索します。

検索条件の下部は

検索結果の表示方法を設定する場所です。

今回はこれらに加え[dTm]にチェックを入れます。

また、検索結果の表示を[dTm]の昇順で表示する

ために以下のように変更します。

検索結果はデータベースの全てのデータから[dTm]が小さい実験結果から順に表示します。

[dTm]は値が低いほど変異によって熱安定性が失われたことを意味するので

一番上の検索結果であるLysozymeの56番目のILEは安定性にかなり寄与する残基と言えそうです。

右にはPubMedへのリンクが貼られており、実験の論文を参照できます。

左端の[Entry]のカラムをクリックするとデータの詳細を見ることが出来ます。

配列情報、構造情報、実験条件や熱力学データのほか、他のデータベースにもリンクが貼られています。

PDB_Wild,MUTATIONではRASMOLがインストールしてある場合、立体構造を見ることができます。

次にProNITについて説明します。

ProThermからアクセスできます。

ProNITはタンパク質と核酸の相互作用に関するデータベースです。

ProTherm同様にチュートリアルがありますのでそちらも参考にしてください。

Advanced Searchをクリックします。今回はpH7での解離定数が大きいものを調べます。

基本はProThermと同じです。

上には検索条件があります。

今回はpH7のデータを検索しますので

このように入力します。

また解離定数を降順で並び替えるために

「Sorting Options」を以下の様に設定を変更します。

検索結果がでました。解離定数で

確かにソートされています。

Entryのカラムをクリックして詳細を表示します。

タンパク質、DNA、複合体、実験条件、論文等のデータが書かれています。

タンパク質の情報がProThermにも載っている場合はリンクが貼ってあります。

また他のデータベース（NCBIやPDB等）とのリンクがあるのでさらに調べる時に活用できます。

PDB_COMPLEXで立体構造を見ることができます。

Jmolで表示されます。

また、下にはRASMOLのファイルもあり、こちらでも立体構造を表示できます。

また、topにはPDBファイルがあり、必要ならば

「リンク先のファイルを保存」で保存できます。